معرفی شرکت ها
python-treetime_0.0+20170607-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe all |
| نام بسته | python-treetime |
| نام فایل بسته | python-treetime_0.0+20170607-1_all.deb |
| نسخه بسته | 0.0+20170607 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/neherlab/treetime |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 59104 |
| حجم نصب | 282 |
TreeTime provides routines for ancestral sequence reconstruction and the
maximum likelihoo inference of molecular-clock phylogenies, i.e., a tree
where all branches are scaled such that the locations of terminal nodes
correspond to their sampling times and internal nodes are placed at the
most likely time of divergence.
.
TreeTime aims at striking a compromise between sophisticated
probabilistic models of evolution and fast heuristics. It implements GTR
models of ancestral inference and branch length optimization, but takes
the tree topology as given. To optimize the likelihood of time-scaled
phylogenies, treetime uses an iterative approach that first infers
ancestral sequences given the branch length of the tree, then optimizes
the positions of unconstraine d nodes on the time axis, and then repeats
this cycle. The only topology optimization are (optional) resolution of
polytomies in a way that is most (approximately) consistent with the
sampling time constraints on the tree. The package is designed to be
used as a stand-alone tool or as a library used in larger phylogenetic
analysis workflows.
.
Features
* ancestral sequence reconstruction (marginal and joint maximum
likelihood)
* molecular clock tree inference (marginal and joint maximum
likelihood)
* inference of GTR models
* rerooting to obtain best root-to-tip regression
* auto-correlated relaxed molecular clock (with normal prior)
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| python-treetime-examples_0.0+20170607-1_all.deb | 0.0+20170607 | all | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| << 2.8 | python:any |
| >= 2.7.5-5~ | python:any |
| - | python-numpy |
| - | python-scipy |
| - | python-biopython |
| - | python-pandas |
نحوه نصب
نصب پکیج deb python-treetime:
sudo apt-get install python-treetime_0.0+20170607-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/__init__.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/aa_models.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/branch_len_interpolator.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/clock_tree.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/config.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/distribution.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/gtr.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/io.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/merger_models.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/node_interpolator.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/nuc_models.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/seq_utils.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/treeanc.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/treetime.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime/utils.py |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime-0.1.1.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime-0.1.1.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python2.7/dist-packages/treetime-0.1.1.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/share/doc/python-treetime/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/python-treetime/copyright |
| ./usr/share/doc/python-treetime/examples/ancestral_inference.py |
| ./usr/share/doc/python-treetime/examples/ebola.py |
| ./usr/share/doc/python-treetime/examples/relaxed_clock.py |
| ./usr/share/doc/python-treetime/examples/rerooting_and_timetrees.py |
| ./usr/share/man/man1/ancestral_reconstruction.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/temporal_signal.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/timetree_inference.1.gz |
| ./usr/share/treetime/ancestral_reconstruction.py |
| ./usr/share/treetime/temporal_signal.py |
| ./usr/share/treetime/timetree_inference.py |
| ./usr/bin/ancestral_reconstruction -> ../share/treetime/ancestral_reconstruction.py |
| ./usr/bin/temporal_signal -> ../share/treetime/temporal_signal.py |
| ./usr/bin/timetree_inference -> ../share/treetime/timetree_inference.py |