معرفی شرکت ها

python-treetime-examples_0.0+20170607-1_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (example)
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Bionic-18.04
مخزن Ubuntu universe all
نام بسته python-treetime-examples
نام فایل بسته python-treetime-examples_0.0+20170607-1_all.deb
نسخه بسته 0.0+20170607
انتشار بسته 1
معماری بسته all
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/neherlab/treetime
مجوز -
حجم دانلود 216860
حجم نصب 280
TreeTime provides routines for ancestral sequence reconstruction and the maximum likelihoo inference of molecular-clock phylogenies, i.e., a tree where all branches are scaled such that the locations of terminal nodes correspond to their sampling times and internal nodes are placed at the most likely time of divergence. . TreeTime aims at striking a compromise between sophisticated probabilistic models of evolution and fast heuristics. It implements GTR models of ancestral inference and branch length optimization, but takes the tree topology as given. To optimize the likelihood of time-scaled phylogenies, treetime uses an iterative approach that first infers ancestral sequences given the branch length of the tree, then optimizes the positions of unconstraine d nodes on the time axis, and then repeats this cycle. The only topology optimization are (optional) resolution of polytomies in a way that is most (approximately) consistent with the sampling time constraints on the tree. The package is designed to be used as a stand-alone tool or as a library used in larger phylogenetic analysis workflows. . Features * ancestral sequence reconstruction (marginal and joint maximum likelihood) * molecular clock tree inference (marginal and joint maximum likelihood) * inference of GTR models * rerooting to obtain best root-to-tip regression * auto-correlated relaxed molecular clock (with normal prior) . This package contains example scripts and data to test the usage of treetime.


نیازمندی

مقدار نام
- python-treetime


نحوه نصب


نصب پکیج deb python-treetime-examples:

    sudo apt-get install python-treetime-examples_0.0+20170607-1_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.20.fasta.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.20.metadata.csv
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.20.nwk
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.200.fasta.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.200.metadata.csv.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.200.nwk.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.500.fasta.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/H3N2_NA_allyears_NA.500.nwk.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/__init__.py
./usr/share/doc/python-treetime/data/ebola.csv.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/ebola.fasta.gz
./usr/share/doc/python-treetime/data/ebola.nwk.gz
./usr/share/doc/python-treetime/test/__init__.py
./usr/share/doc/python-treetime/test/test_gtr.py
./usr/share/doc/python-treetime/test/test_seq2prof.py
./usr/share/doc/python-treetime/test/test_treetime.py.gz
./usr/share/doc/python-treetime/test/tree_time_test.py
./usr/share/doc/python-treetime-examples/copyright
./usr/share/doc/python-treetime-examples/changelog.Debian.gz -> ../python-treetime/changelog.Debian.gz