معرفی شرکت ها
python3-pairtools_1.0.2-2+b1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | python3-pairtools |
| نام فایل بسته | python3-pairtools_1.0.2-2+b1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 1.0.2 |
| انتشار بسته | 2+b1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/mirnylab/pairtools |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 165424 |
| حجم نصب | 685 |
Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C
experiment.
.
Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:
.
- Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
sequences of Hi-C DNA molecules
- Sort .pairs files for downstream analyses
- Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
- Generate extensive statistics of Hi-C datasets
- Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
- Restore .sam alignments from Hi-C pairs
جایگزین ها
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.14 | libc6 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| - | cython3 |
| << 3.12 | python3 |
| >= 3.11~ | python3 |
| - | python3-bioframe |
| - | python3-click |
| >= 1:1.22.0 | python3-numpy |
| - | python3-numpy-abi9 |
| - | python3-pandas |
| >= 0.20.0+ds-3~ | python3-pysam |
| - | python3-scipy |
| - | python3-yaml |
| - | python3:any |
نحوه نصب
نصب پکیج deb python3-pairtools:
sudo apt-get install python3-pairtools_1.0.2-2+b1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/pairtools |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/__main__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/_logging.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/dedup.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/filterbycov.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/flip.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/header.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/markasdup.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/merge.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/parse.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/parse2.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/phase.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/restrict.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/sample.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/scaling.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/select.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/sort.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/split.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/cli/stats.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/dedup.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/dedup_cython.cpython-311-x86_64-linux-gnu.so |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/fileio.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/filterbycov.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/headerops.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/pairsam_format.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/parse.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/parse_pysam.cpython-311-x86_64-linux-gnu.so |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/phase.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/regions.cpython-311-x86_64-linux-gnu.so |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/restrict.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/scaling.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/select.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools/lib/stats.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools-1.0.2.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools-1.0.2.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools-1.0.2.egg-info/entry_points.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools-1.0.2.egg-info/not-zip-safe |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools-1.0.2.egg-info/requires.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pairtools-1.0.2.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/share/doc/python3-pairtools/README.test |
| ./usr/share/doc/python3-pairtools/changelog.Debian.amd64.gz |
| ./usr/share/doc/python3-pairtools/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/python3-pairtools/changelog.gz |
| ./usr/share/doc/python3-pairtools/copyright |