معرفی شرکت ها

trimmomatic_0.39+dfsg-2_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

flexible read trimming tool for Illumina NGS data
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Mantic-23.10
مخزن Ubuntu universe all
نام بسته trimmomatic
نام فایل بسته trimmomatic_0.39+dfsg-2_all.deb
نسخه بسته 0.39+dfsg
انتشار بسته 2
معماری بسته all
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
مجوز -
حجم دانلود 757584
حجم نصب 785
Trimmomatic performs a variety of useful trimming tasks for illumina paired-end and single ended data.The selection of trimming steps and their associated parameters are supplied on the command line. . The current trimming steps are: * ILLUMINACLIP: Cut adapter and other illumina-specific sequences from the read. * SLIDINGWINDOW: Perform a sliding window trimming, cutting once thes average quality within the window falls below a threshold. * LEADING: Cut bases off the start of a read, if below a threshold quality * TRAILING: Cut bases off the end of a read, if below a threshold quality * CROP: Cut the read to a specified length * HEADCROP: Cut the specified number of bases from the start of the read * MINLENGTH: Drop the read if it is below a specified length * TOPHRED33: Convert quality scores to Phred-33 * TOPHRED64: Convert quality scores to Phred-64 It works with FASTQ (using phred + 33 or phred + 64 quality scores, depending on the Illumina pipeline used), either uncompressed or gzipp'ed FASTQ. Use of gzip format is determined based on the .gz extension.


نیازمندی

مقدار نام
- libjbzip2-java
- default-jre


نحوه نصب


نصب پکیج deb trimmomatic:

    sudo apt-get install trimmomatic_0.39+dfsg-2_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/TrimmomaticPE
./usr/share/doc/trimmomatic/README.Debian
./usr/share/doc/trimmomatic/README.test
./usr/share/doc/trimmomatic/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/trimmomatic/copyright
./usr/share/doc/trimmomatic/examples/batchTrim
./usr/share/doc/trimmomatic/run-unit-test
./usr/share/doc/trimmomatic/test_data/test_forward.fq.gz
./usr/share/doc/trimmomatic/test_data/test_reverse.fq.gz
./usr/share/doc/trimmomatic/test_data/test_single.fq.gz
./usr/share/java/trimmomatic-0.39.jar
./usr/share/man/man1/TrimmomaticPE.1.gz
./usr/share/trimmomatic/NexteraPE-PE.fa
./usr/share/trimmomatic/TruSeq2-PE.fa
./usr/share/trimmomatic/TruSeq2-SE.fa
./usr/share/trimmomatic/TruSeq3-PE-2.fa
./usr/share/trimmomatic/TruSeq3-PE.fa
./usr/share/trimmomatic/TruSeq3-SE.fa
./usr/bin/TrimmomaticSE -> TrimmomaticPE
./usr/share/java/trimmomatic.jar -> trimmomatic-0.39.jar
./usr/share/man/man1/TrimmomaticSE.1.gz -> TrimmomaticPE.1.gz