معرفی شرکت ها
roary_3.13.0+dfsg-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
high speed stand alone pan genome pipeline
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Lunar-23.04 |
| مخزن | Ubuntu universe all |
| نام بسته | roary |
| نام فایل بسته | roary_3.13.0+dfsg-1_all.deb |
| نسخه بسته | 3.13.0+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://sanger-pathogens.github.io/Roary/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 172136 |
| حجم نصب | 659 |
Roary is a high speed stand alone pan genome pipeline, which takes annotated
assemblies in GFF3 format (as produced, for instance, by Prokka) and calculates
the pan genome. Using a standard desktop PC, it can analyse datasets with
thousands of samples, something which is computationally infeasible with
existing methods, without compromising the quality of the results. 128 samples
can be analysed in under 1 hour using 1 GB of RAM and a single processor.
To perform this analysis using existing methods would take weeks and hundreds
of GB of RAM. Roary is not intended for meta-genomics or for comparing
extremely diverse sets of genomes.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | perl |
| >= 1.7.4 | bioperl |
| - | libarray-utils-perl |
| - | libdigest-md5-file-perl |
| - | libenv-path-perl |
| - | libexception-class-perl |
| - | libfile-find-rule-perl |
| - | libfile-grep-perl |
| - | libfile-slurper-perl |
| - | libfile-which-perl |
| - | libfindbin-libs-perl |
| - | libgraph-perl |
| - | libgraph-readwrite-perl |
| - | liblog-log4perl-perl |
| - | libmoose-perl |
| - | libperlio-utf8-strict-perl |
| - | libtest-most-perl |
| - | libtest-file-perl |
| - | libtest-files-perl |
| - | libtest-output-perl |
| - | libtext-csv-perl |
| - | bedtools |
| - | cd-hit |
| - | ncbi-blast+ |
| - | mcl |
| - | parallel |
| - | prank |
| - | r-base-core |
| - | r-cran-ggplot2 |
| - | mafft |
| - | fasttree |
نحوه نصب
نصب پکیج deb roary:
sudo apt-get install roary_3.13.0+dfsg-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/create_pan_genome |
| ./usr/bin/create_pan_genome_plots |
| ./usr/bin/extract_proteome_from_gff |
| ./usr/bin/iterative_cdhit |
| ./usr/bin/pan_genome_assembly_statistics |
| ./usr/bin/pan_genome_core_alignment |
| ./usr/bin/pan_genome_post_analysis |
| ./usr/bin/pan_genome_reorder_spreadsheet |
| ./usr/bin/parallel_all_against_all_blastp |
| ./usr/bin/protein_alignment_from_nucleotides |
| ./usr/bin/query_pan_genome |
| ./usr/bin/roary |
| ./usr/bin/roary-create_pan_genome_plots.R |
| ./usr/bin/roary-pan_genome_reorder_spreadsheet |
| ./usr/bin/roary-query_pan_genome |
| ./usr/bin/roary-unique_genes_per_sample |
| ./usr/bin/transfer_annotation_to_groups |
| ./usr/share/doc/roary/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/roary/copyright |
| ./usr/share/lintian/overrides/roary |
| ./usr/share/man/man1/create_pan_genome.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/create_pan_genome_plots.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/extract_proteome_from_gff.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/iterative_cdhit.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/pan_genome_assembly_statistics.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/pan_genome_core_alignment.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/pan_genome_post_analysis.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/pan_genome_reorder_spreadsheet.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/parallel_all_against_all_blastp.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/protein_alignment_from_nucleotides.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/query_pan_genome.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/roary-pan_genome_reorder_spreadsheet.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/roary-query_pan_genome.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/roary-unique_genes_per_sample.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/roary.1p.gz |
| ./usr/share/man/man1/transfer_annotation_to_groups.1p.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::AccessoryBinaryFasta.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::AccessoryClustering.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::AnalyseGroups.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::AnnotateGroups.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::AssemblyStatistics.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::BedFromGFFRole.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::ChunkFastaFile.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::ClustersRole.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::CombinedProteome.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::CommandLine::AssemblyStatistics.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::CommandLine::Common.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::CommandLine::CreatePanGenome.3pm.gz |
| ./usr/share/man/man3/Bio::Roary::CommandLine::ExtractProteomeFromGff.3pm.gz |
| ... and 145 more |