معرفی شرکت ها

sim4_0.0.20121010-8_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

tool for aligning cDNA and genomic DNA
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Jammy-22.04
مخزن Ubuntu universe amd64
نام بسته sim4
نام فایل بسته sim4_0.0.20121010-8_amd64.deb
نسخه بسته 0.0.20121010
انتشار بسته 8
معماری بسته amd64
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://globin.bx.psu.edu/html/docs/sim4.html
مجوز -
حجم دانلود 359644
حجم نصب 1374
sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of one sequence overlaps the end of the other). . sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG, CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters on the unmatched fragments.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
sim4db_0~20150903+r2013-8build2_amd64.deb 0~20150903+r2013 amd64 Ubuntu universe


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.29 libc6


نحوه نصب


نصب پکیج deb sim4:

    sudo apt-get install sim4_0.0.20121010-8_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/sim4
./usr/share/doc/sim4/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/sim4/copyright
./usr/share/doc/sim4/examples/sample.cdna.fasta
./usr/share/doc/sim4/examples/sample.gen.fasta
./usr/share/man/man1/sim4.1.gz