معرفی شرکت ها

qcumber_2.3.0-2_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

quality control of genomic sequences
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Jammy-22.04
مخزن Ubuntu universe all
نام بسته qcumber
نام فایل بسته qcumber_2.3.0-2_all.deb
نسخه بسته 2.3.0
انتشار بسته 2
معماری بسته all
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://gitlab.com/RKIBioinformaticsPipelines/QCumber
مجوز -
حجم دانلود 49420
حجم نصب 234
QCPipeline is a tool for quality control. The workflow is as follows: . 1. Quality control with FastQC 2. Trim Reads with Trimmomatic 3. Quality control of trimmed reads with FastQC 4. Map reads against reference using bowtie2 5. Classify reads with Kraken


نیازمندی

مقدار نام
- python3:any
>= 0.5 debconf
- python3-jinja2
- python3-matplotlib
- python3-biopython
- libjs-angularjs
- libjs-bootstrap
- libjs-d3
- libjs-jquery
- r-base-core
- r-bioc-savr
- r-cran-ggplot2
- r-cran-quantreg
- snakemake


نحوه نصب


نصب پکیج deb qcumber:

    sudo apt-get install qcumber_2.3.0-2_all.deb


فایل ها

مسیرها
./etc/qcumber/adapters.fa
./etc/qcumber/config.txt
./etc/qcumber/parameter.txt
./usr/bin/qcumber
./usr/share/doc/qcumber/README.Debian
./usr/share/doc/qcumber/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/qcumber/copyright
./usr/share/doc/qcumber/get-minikrakendb
./usr/share/doc/qcumber/readme.md.gz
./usr/share/lintian/overrides/qcumber
./usr/share/man/man1/qcumber.1.gz
./usr/share/python3/runtime.d/qcumber.rtupdate
./usr/share/qcumber/QCumber-2
./usr/share/qcumber/Rscripts/barplot.R
./usr/share/qcumber/Rscripts/boxplot.R
./usr/share/qcumber/Rscripts/sav.R
./usr/share/qcumber/__init__.py
./usr/share/qcumber/batch_report.html
./usr/share/qcumber/input_utils.py
./usr/share/qcumber/modules/__init__.py
./usr/share/qcumber/modules/classification.snakefile
./usr/share/qcumber/modules/fastqc.snakefile
./usr/share/qcumber/modules/init.snakefile
./usr/share/qcumber/modules/json_output.py
./usr/share/qcumber/modules/mapping.snakefile
./usr/share/qcumber/modules/sav.snakefile
./usr/share/qcumber/modules/trimming.snakefile
./usr/share/qcumber/modules/utils.py
./usr/share/qcumber/report.tex
./usr/share/qcumber/config -> /etc/qcumber
./usr/share/qcumber/lib/angular.min.js -> ../../javascript/angular.js/angular.min.js
./usr/share/qcumber/lib/bootstrap-theme.min.css -> ../../javascript/bootstrap/css/bootstrap-theme.min.css
./usr/share/qcumber/lib/bootstrap.min.css -> ../../javascript/bootstrap/css/bootstrap.min.css
./usr/share/qcumber/lib/bootstrap.min.js -> ../../javascript/bootstrap/js/bootstrap.min.js
./usr/share/qcumber/lib/d3.v3.min.js -> ../../javascript/d3/d3.min.js
./usr/share/qcumber/lib/jquery.min.js -> ../../javascript/jquery/jquery.min.js