معرفی شرکت ها
trinityrnaseq_2.6.6+dfsg-6build2_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
RNA-Seq De novo Assembly
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Focal-20.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | trinityrnaseq |
| نام فایل بسته | trinityrnaseq_2.6.6+dfsg-6build2_amd64.deb |
| نسخه بسته | 2.6.6+dfsg |
| انتشار بسته | 6build2 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://trinityrnaseq.github.io/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1857224 |
| حجم نصب | 9180 |
Trinity represents a novel method for the efficient and robust de novo
reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three
independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied
sequentially to process large volumes of RNA-seq reads. Trinity partitions
the sequence data into many individual de Bruijn graphs, each representing the
transcriptional complexity at a given gene or locus, and then processes
each graph independently to extract full-length splicing isoforms and to tease
apart transcripts derived from paralogous genes.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| trinityrnaseq-examples_2.6.6+dfsg-6build2_all.deb | 2.6.6+dfsg | all | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.29 | libc6 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 6 | libgomp1 |
| >= 1.10 | libhts3 |
| >= 9 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
| - | perl:any |
| - | jaligner |
| - | libcommons-collections4-java |
| - | libgetopt-java |
| - | libjung-free-java |
| - | bowtie |
| - | bowtie2 |
| - | libwww-perl |
| - | default-jre-headless |
| - | samtools |
| - | jellyfish |
| - | r-base-core |
| - | r-cran-cluster |
| - | r-bioc-qvalue |
| - | rsem |
| - | berkeley-express |
| - | trimmomatic |
| - | transdecoder |
| - | parafly |
| - | curl |
| - | salmon |
| - | python3-numpy |
| - | ncbi-blast+ |
نحوه نصب
نصب پکیج deb trinityrnaseq:
sudo apt-get install trinityrnaseq_2.6.6+dfsg-6build2_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/Trinity |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/DE_graph_to_dot.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/DTE_to_DTU.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/GOplot.Rscript |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/Glimma.Trinity.Rscript |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/PtR |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/edgeR_funcs.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/get_cluster_info.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/heatmap.3.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/jaccard_distance.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/manually_define_clusters.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/misc_rnaseq_funcs.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/pairs3.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/rnaseq_plot_funcs.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/test.heatmap.3.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/tests/test_heatmap_w_pca.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/R/vioplot2.R |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/ROKU.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/TissueEnrichment/DE_graph_to_dot.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/TissueEnrichment/DE_results_to_pairwise_summary.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/TissueEnrichment/README.md |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/TissueEnrichment/group_isoforms_by_tissue_enrichment.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/TissueEnrichment/pairwise_DE_summary_to_DE_classification.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/add_annot_to_trans_id.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/add_blastx_hit_to_trinity_id.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/analyze_diff_expr.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/assign_tissue_specific.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cluster_sample_data/Islam_scde_data/es.mef.fpkm.matrix |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cluster_sample_data/MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix.gz |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cluster_sample_data/cleanme.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cluster_sample_data/orig.samples.txt |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cluster_sample_data/runMe.sh |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cluster_sample_data/samples.txt |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/compare_gene_trans_DE_ranks.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/cut_tree_into_clusters.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/define_clusters_by_cutting_tree.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/diff_expr_analysis_to_heatmap_html.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/diff_express.cgi |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/downsample_count_matrix.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/extract_GO_enriched_genes.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/filter_diff_expr.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/filter_matrix_min_sum_rowcounts.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/get_tissue_enriched_DE_one_vs_all.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/get_transcript_lengths.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/identify_diff_isoform_splicing.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/log2_transform_matrix.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/log2_transform_median_center_fpkm_matrix.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/matrix_to_gene_plots.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/merge_matrices.pl |
| ./usr/lib/trinityrnaseq/Analysis/DifferentialExpression/merge_subclusters.pl |
| ... and 451 more |