معرفی شرکت ها

seer_1.1.4-2build2_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Focal-20.04
مخزن Ubuntu universe amd64
نام بسته seer
نام فایل بسته seer_1.1.4-2build2_amd64.deb
نسخه بسته 1.1.4
انتشار بسته 2build2
معماری بسته amd64
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/johnlees/seer
مجوز -
حجم دانلود 436572
حجم نصب 1887
Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.


نیازمندی

مقدار نام
>= 1:9.800.4+dfsg libarmadillo9
- libblas3 | libblas.so.3
- libboost-program-options1.71.0
>= 2.29 libc6
>= 3.0 libgcc-s1
>= 1.5+dfsg libgzstream0
- libhdf5-103
>= 9 libstdc++6
>= 1:1.1.4 zlib1g
- libtext-csv-perl


نحوه نصب


نصب پکیج deb seer:

    sudo apt-get install seer_1.1.4-2build2_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/R_mds
./usr/bin/blast_top_hits
./usr/bin/blastn_to_phandango
./usr/bin/combineKmers
./usr/bin/filter_seer
./usr/bin/hits_to_fastq
./usr/bin/kmds
./usr/bin/map_back
./usr/bin/mapping_to_phandango
./usr/bin/mash2matrix
./usr/bin/reformat_output
./usr/bin/seer
./usr/share/doc/seer/README.Debian
./usr/share/doc/seer/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/seer/copyright
./usr/share/doc/seer/examples/example_wrapper.py.gz
./usr/share/man/man1/R_mds.1.gz
./usr/share/man/man1/blast_top_hits.1.gz
./usr/share/man/man1/combineKmers.1.gz
./usr/share/man/man1/filter_seer.1.gz
./usr/share/man/man1/hits_to_fastq.1.gz
./usr/share/man/man1/kmds.1.gz
./usr/share/man/man1/map_back.1.gz
./usr/share/man/man1/mapping_to_phandango.1.gz
./usr/share/man/man1/mash2matrix.1.gz
./usr/share/man/man1/reformat_output.1.gz
./usr/share/man/man1/seer.1.gz