معرفی شرکت ها


paleomix_1.2.13.3-1build1_amd64.deb


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Focal-20.04
مخزن Ubuntu universe amd64
نام بسته paleomix
نام فایل بسته paleomix_1.2.13.3-1build1_amd64.deb
نسخه بسته 1.2.13.3
انتشار بسته 1build1
معماری بسته amd64
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://geogenetics.ku.dk/publications/paleomix
مجوز -
حجم دانلود 4668764
حجم نصب 7898
The PALEOMIX pipelines are a set of pipelines and tools designed to aid the rapid processing of High-Throughput Sequencing (HTS) data: The BAM pipeline processes de-multiplexed reads from one or more samples, through sequence processing and alignment, to generate BAM alignment files useful in downstream analyses; the Phylogenetic pipeline carries out genotyping and phylogenetic inference on BAM alignment files, either produced using the BAM pipeline or generated elsewhere; and the Zonkey pipeline carries out a suite of analyses on low coverage equine alignments, in order to detect the presence of F1-hybrids in archaeological assemblages. In addition, PALEOMIX aids in metagenomic analysis of the extracts. . The pipelines have been designed with ancient DNA (aDNA) in mind, and includes several features especially useful for the analyses of ancient samples, but can all be for the processing of modern samples, in order to ensure consistent data processing.


نیازمندی

مقدار نام
- python-pysam
- python-setproctitle
<< 2.8 python2:any
>= 2.7~ python2:any
- adapterremoval
- bedtools
- bowtie2
- bwa
- bcftools
- examl
- mafft
- mapdamage
- phylip
- picard-tools
- r-base-core
- radiant
- raxml
- samtools
- python-coverage
- python-flexmock


نحوه نصب


نصب پکیج deb paleomix:

    sudo apt-get install paleomix_1.2.13.3-1build1_amd64.deb