معرفی شرکت ها
hhsuite_3.2.0-2build1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Focal-20.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | hhsuite |
| نام فایل بسته | hhsuite_3.2.0-2build1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 3.2.0 |
| انتشار بسته | 2build1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://toolkit.tuebingen.mpg.de/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 10480684 |
| حجم نصب | 77213 |
HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence
searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).
.
This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.
.
HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM
and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous
proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect
homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise
alignments for homology modeling.
.
HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from
MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search
strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to
the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST,
HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate
alignments.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| hhsuite-data_3.2.0-2build1_all.deb | 3.2.0 | all | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.29 | libc6 |
| >= 0.9.9.9 | libffindex0 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 6 | libgomp1 |
| >= 9 | libstdc++6 |
| - | perl:any |
| >= 0.9.9.8 | ffindex |
| = 3.2.0-2build1 | hhsuite-data |
| - | python3 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb hhsuite:
sudo apt-get install hhsuite_3.2.0-2build1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/hhalign |
| ./usr/bin/hhalign_omp |
| ./usr/bin/hhblits |
| ./usr/bin/hhblits_ca3m |
| ./usr/bin/hhblits_omp |
| ./usr/bin/hhconsensus |
| ./usr/bin/hhfilter |
| ./usr/bin/hhmake |
| ./usr/bin/hhsearch |
| ./usr/bin/hhsearch_omp |
| ./usr/lib/hhsuite/bin/cstranslate |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete.phr |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete.pin |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete.psq |
| ./usr/share/doc/hhsuite/README.md |
| ./usr/share/doc/hhsuite/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/hhsuite/copyright |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.a3m |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.hhm |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.hhr |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.seq |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/Align.pm |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/HHPaths.pm |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/a3m.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/addss.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/check_a3m.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/cif2fasta.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/create_profile_from_hhm.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/create_profile_from_hmmer.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/ffindex.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/get_a3m_size.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hh_reader.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hhmakemodel.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hhmakemodel.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hhsuitedb.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/mergeali.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/multithread.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/pdb2fasta.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/pdbfilter.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/pdbfilter.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/reformat.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/renumberpdb.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/splitfasta.pl |
| ./usr/share/man/man1/hhalign.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/hhblits.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/hhblits_omp.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/hhconsensus.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/hhfilter.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/hhmake.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/hhsearch.1.gz |
| ./usr/lib/hh -> hhsuite |
| ./usr/lib/hhsuite/scripts -> ../../share/hhsuite/scripts |