معرفی شرکت ها

dindel_1.01-wu1-3+dfsg-1build1_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

determines indel calls from short-read data
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Focal-20.04
مخزن Ubuntu universe amd64
نام بسته dindel
نام فایل بسته dindel_1.01-wu1-3+dfsg-1build1_amd64.deb
نسخه بسته 1.01
انتشار بسته wu1
معماری بسته amd64
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/genome/dindel-tgi
مجوز -
حجم دانلود 369596
حجم نصب 1082
Dindel is a program for calling small indels from short-read sequence data ('next generation sequence data'). It currently is designed to handle only Illumina data. . Dindel requires a BAM file containing the read-alignments as input. It then extracts candidate indels from the BAM file, and realigns the reads to candidate haplotypes consisting of these candidate indels. If there is sufficient evidence for an alternative haplotype to the reference, it will call an indel. . It is possible to test indels discovered with other methods using Dindel, for instance longer indels obtained through assembly methods. Dindel will then realign both mapped and unmapped reads to see if the candidate indel is supported by the reads. . Dindel outputs both genotype likelihoods and includes a script to convert these to a VCF file with indel and SNP calls. . There is basic support for outputting realigned BAM files for each realignment-window. These realigned BAM files can be used to call SNPs near (candidate) indels.


نیازمندی

مقدار نام
- libboost-program-options1.71.0
>= 2.29 libc6
>= 3.0 libgcc-s1
>= 9 libstdc++6
>= 1:1.2.3.3 zlib1g


نحوه نصب


نصب پکیج deb dindel:

    sudo apt-get install dindel_1.01-wu1-3+dfsg-1build1_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/dindel
./usr/share/dindel/convertVCFToDindel.py
./usr/share/dindel/makeGenotypeLikelihoodFilePooled.py
./usr/share/dindel/makeWindows.py
./usr/share/dindel/mergeOutputDiploid.py
./usr/share/dindel/mergeOutputPooled.py
./usr/share/dindel/selectCandidates.py
./usr/share/dindel/utils/AnalyzeSequence.py
./usr/share/dindel/utils/Fasta.py
./usr/share/dindel/utils/FileUtils.py
./usr/share/dindel/utils/MathUtils.py
./usr/share/dindel/utils/VCFFile.py
./usr/share/dindel/utils/Variant.py
./usr/share/doc/dindel/README.md
./usr/share/doc/dindel/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/dindel/copyright
./usr/share/man/man1/dindel.1.gz