معرفی شرکت ها
cnvkit_0.9.6-3_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Copy number variant detection from targeted DNA sequencing
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Focal-20.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | cnvkit |
| نام فایل بسته | cnvkit_0.9.6-3_amd64.deb |
| نسخه بسته | 0.9.6 |
| انتشار بسته | 3 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://cnvkit.readthedocs.org |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 15426576 |
| حجم نصب | 69024 |
A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants
and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for
use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels,
and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3-biopython |
| - | python3-future |
| - | python3-matplotlib |
| - | python3-numpy |
| - | python3-pandas |
| >= 0.9.0 | python3-pomegranate |
| - | python3-pyfaidx |
| - | python3-pysam |
| - | python3-reportlab |
| - | python3-scipy |
| - | python3:any |
| - | r-bioc-dnacopy |
نحوه نصب
نصب پکیج deb cnvkit:
sudo apt-get install cnvkit_0.9.6-3_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/cnvkit |
| ./usr/bin/cnvkit-cnv_annotate |
| ./usr/bin/cnvkit-cnv_expression_correlate |
| ./usr/bin/cnvkit-cnv_updater |
| ./usr/bin/cnvkit-cnv_ztest |
| ./usr/bin/cnvkit-guess_baits |
| ./usr/bin/cnvkit-reference2targets |
| ./usr/bin/cnvkit-skg_convert |
| ./usr/bin/snpfilter.sh |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/CNVkit-0.9.6.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/CNVkit-0.9.6.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/CNVkit-0.9.6.egg-info/requires.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/CNVkit-0.9.6.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/_version.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/access.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/antitarget.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/autobin.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/batch.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/call.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/cmdutil.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/cnary.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/commands.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/core.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/coverage.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/descriptives.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/diagram.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/export.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/fix.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/heatmap.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/import_rna.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/importers.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/metrics.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/parallel.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/params.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/plots.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/reference.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/reports.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/rna.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/samutil.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/scatter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segfilters.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/cbs.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/flasso.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/haar.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/hmm.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/hmm_learn.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmentation/none.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/cnvlib/segmetrics.py |
| ... and 136 more |