معرفی شرکت ها

chimeraslayer_20101212+dfsg1-3_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

detects likely chimeras in PCR amplified DNA
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Focal-20.04
مخزن Ubuntu universe all
نام بسته chimeraslayer
نام فایل بسته chimeraslayer_20101212+dfsg1-3_all.deb
نسخه بسته 20101212+dfsg1
انتشار بسته 3
معماری بسته all
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://microbiomeutil.sourceforge.net/
مجوز -
حجم دانلود 32108
حجم نصب 155
ChimeraSlayer is a chimeric sequence detection utility, compatible with near-full length Sanger sequences and shorter 454-FLX sequences (~500bp). . Chimera Slayer involves the following series of steps that operate to flag chimeric 16S rRNA sequences: . 1. the ends of a query sequence are searched against an included database of reference chimera-free 16S sequences to identify potential parents of a chimera 2. candidate parents of a chimera are selected as those that form a branched best scoring alignment to the NAST-formatted query sequence 3. the NAST alignment of the query sequence is improved in a ‘chimera-aware’ profile-based NAST realignment to the selected reference parent sequences 4. an evolutionary framework is used to flag query sequences found to exhibit greater sequence homology to an in silico chimera formed between any two of the selected reference parent sequences. . To run Chimera Slayer, you need NAST-formatted sequences generated by the nast-ier utility. . ChimeraSlayer is part of the microbiomeutil suite.


نیازمندی

مقدار نام
- microbiomeutil-data
- cdbfasta
- ncbi-blast+-legacy


نحوه نصب


نصب پکیج deb chimeraslayer:

    sudo apt-get install chimeraslayer_20101212+dfsg1-3_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraParentSelector/CM_plotter.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraParentSelector/CPC_to_CPS.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraParentSelector/CPS_to_RENAST.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraParentSelector/chimeraParentSelector.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraParentSelector/run_chimeraParentSelector.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraPhyloChecker/CPS_to_CPC.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraPhyloChecker/ChimeraPhyloChecker.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/ChimeraSlayer.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/PerlLib/AlignCompare.pm
./usr/lib/ChimeraSlayer/PerlLib/BHStats.pm
./usr/lib/ChimeraSlayer/PerlLib/CdbTools.pm
./usr/lib/ChimeraSlayer/PerlLib/Fasta_reader.pm
./usr/lib/ChimeraSlayer/PerlLib/NAST_to_Eco_coords.pm
./usr/lib/ChimeraSlayer/PerlLib/TaxonomyGraph.pm
./usr/lib/ChimeraSlayer/util/CMCS_to_treeImg.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/util/CS_add_taxonomy.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/util/breakpoint_to_profile.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/util/merge_CM_CS_outputs.pl
./usr/lib/ChimeraSlayer/util/merge_CS_n_CM_breakpoints.pl
./usr/share/doc/chimeraslayer/copyright
./usr/share/man/man1/chimeraslayer.1.gz
./usr/bin/chimeraslayer -> ../lib/ChimeraSlayer/ChimeraSlayer.pl
./usr/share/doc/chimeraslayer/changelog.Debian.gz -> ../microbiomeutil-data/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/chimeraslayer/examples -> ../microbiomeutil-data/examples/ChimeraSlayer