معرفی شرکت ها

ea-utils_1.1.2+dfsg-4build1_i386.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

command-line tools for processing biological sequencing data
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Bionic-18.04
مخزن Ubuntu universe i386
نام بسته ea-utils
نام فایل بسته ea-utils_1.1.2+dfsg-4build1_i386.deb
نسخه بسته 1.1.2+dfsg
انتشار بسته 4build1
معماری بسته i386
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://expressionanalysis.github.io/ea-utils/
مجوز -
حجم دانلود 236360
حجم نصب 746
Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc. . Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs. . Main Tools are: . * fastq-mcf Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering. * fastq-multx Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not. * fastq-join Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools. * varcall Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
ea-utils_1.1.2+dfsg-4build1_amd64.deb 1.1.2+dfsg amd64 Ubuntu universe


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.15 libc6
>= 1:4.2 libgcc1
- libgsl23
>= 5.2 libstdc++6
>= 1:1.2.3.3 zlib1g
- r-base-core
- r-cran-getopt
- r-cran-hmisc
- r-cran-lattice
- r-cran-survival
- r-cran-formula
- r-cran-ggplot2


نحوه نصب


نصب پکیج deb ea-utils:

    sudo apt-get install ea-utils_1.1.2+dfsg-4build1_i386.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/determine-phred
./usr/bin/ea-alc
./usr/bin/fastq-clipper
./usr/bin/fastq-join
./usr/bin/fastq-mcf
./usr/bin/fastq-multx
./usr/bin/fastq-stats
./usr/bin/fastx-graph
./usr/bin/randomFQ
./usr/bin/sam-stats
./usr/bin/varcall
./usr/share/doc/ea-utils/README.Debian
./usr/share/doc/ea-utils/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/ea-utils/copyright
./usr/share/man/man1/determine-phred.1.gz
./usr/share/man/man1/ea-alc.1.gz
./usr/share/man/man1/fastq-clipper.1.gz
./usr/share/man/man1/fastq-join.1.gz
./usr/share/man/man1/fastq-mcf.1.gz
./usr/share/man/man1/fastq-multx.1.gz
./usr/share/man/man1/fastq-stats.1.gz
./usr/share/man/man1/fastx-graph.1.gz
./usr/share/man/man1/randomFQ.1.gz
./usr/share/man/man1/sam-stats.1.gz
./usr/share/man/man1/varcall.1.gz
./usr/lib/debian-med/bin/alc -> ../../../bin/ea-alc
./usr/lib/debian-med/share/man/man1/alc.1.gz -> ../../../../../share/man/man1/ea-alc.1.gz