معرفی شرکت ها
stacks_2.0Beta8c+dfsg-1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | stacks |
| نام فایل بسته | stacks_2.0Beta8c+dfsg-1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 2.0Beta8c+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://creskolab.uoregon.edu/stacks/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 954772 |
| حجم نصب | 5146 |
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences,
such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work
with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of
building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as:
$ stacks <cmdname> <args>
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| stacks-web_2.0Beta8c+dfsg-1_all.deb | 2.0Beta8c+dfsg | all | Ubuntu universe |
| stacks_2.0Beta8c+dfsg-1_i386.deb | 2.0Beta8c+dfsg | i386 | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.17 | libc6 |
| >= 1:3.0 | libgcc1 |
| >= 4.9 | libgomp1 |
| >= 1.0 | libhts2 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
| >= 1:1.2.6 | zlib1g |
| >= 2.6.6-7~ | python:any |
| - | samtools |
| - | libdbi-perl |
نحوه نصب
نصب پکیج deb stacks:
sudo apt-get install stacks_2.0Beta8c+dfsg-1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/stacks |
| ./usr/lib/stacks/bin/clone_filter |
| ./usr/lib/stacks/bin/count_fixed_catalog_snps.py |
| ./usr/lib/stacks/bin/cstacks |
| ./usr/lib/stacks/bin/denovo_map.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/exec_velvet.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/export_sql.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/gstacks |
| ./usr/lib/stacks/bin/index_radtags.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/integrate_alignments.py |
| ./usr/lib/stacks/bin/kmer_filter |
| ./usr/lib/stacks/bin/load_radtags.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/load_sequences.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/phasedstacks |
| ./usr/lib/stacks/bin/populations |
| ./usr/lib/stacks/bin/process_radtags |
| ./usr/lib/stacks/bin/process_shortreads |
| ./usr/lib/stacks/bin/ref_map.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/sort_read_pairs.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/sstacks |
| ./usr/lib/stacks/bin/stacks-dist-extract |
| ./usr/lib/stacks/bin/stacks-gdb |
| ./usr/lib/stacks/bin/stacks-integrate-alignments |
| ./usr/lib/stacks/bin/stacks_export_notify.pl |
| ./usr/lib/stacks/bin/tsv2bam |
| ./usr/lib/stacks/bin/ustacks |
| ./usr/share/doc/stacks/README.Debian |
| ./usr/share/doc/stacks/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/stacks/copyright |
| ./usr/share/python/runtime.d/stacks.rtupdate |
| ./usr/lib/debian-med/bin/clone_filter -> ../../stacks/bin/clone_filter |
| ./usr/lib/debian-med/bin/count_fixed_catalog_snps.py -> ../../stacks/bin/count_fixed_catalog_snps.py |
| ./usr/lib/debian-med/bin/cstacks -> ../../stacks/bin/cstacks |
| ./usr/lib/debian-med/bin/denovo_map -> ../../stacks/bin/denovo_map |
| ./usr/lib/debian-med/bin/denovo_map.pl -> ../../stacks/bin/denovo_map.pl |
| ./usr/lib/debian-med/bin/exec_velvet -> ../../stacks/bin/exec_velvet |
| ./usr/lib/debian-med/bin/exec_velvet.pl -> ../../stacks/bin/exec_velvet.pl |
| ./usr/lib/debian-med/bin/export_sql -> ../../stacks/bin/export_sql |
| ./usr/lib/debian-med/bin/export_sql.pl -> ../../stacks/bin/export_sql.pl |
| ./usr/lib/debian-med/bin/gstacks -> ../../stacks/bin/gstacks |
| ./usr/lib/debian-med/bin/index_radtags -> ../../stacks/bin/index_radtags |
| ./usr/lib/debian-med/bin/index_radtags.pl -> ../../stacks/bin/index_radtags.pl |
| ./usr/lib/debian-med/bin/integrate_alignments.py -> ../../stacks/bin/integrate_alignments.py |
| ./usr/lib/debian-med/bin/kmer_filter -> ../../stacks/bin/kmer_filter |
| ./usr/lib/debian-med/bin/load_radtags -> ../../stacks/bin/load_radtags |
| ./usr/lib/debian-med/bin/load_radtags.pl -> ../../stacks/bin/load_radtags.pl |
| ./usr/lib/debian-med/bin/load_sequences -> ../../stacks/bin/load_sequences |
| ./usr/lib/debian-med/bin/load_sequences.pl -> ../../stacks/bin/load_sequences.pl |
| ./usr/lib/debian-med/bin/phasedstacks -> ../../stacks/bin/phasedstacks |
| ./usr/lib/debian-med/bin/populations -> ../../stacks/bin/populations |
| ... and 24 more |