معرفی شرکت ها
kraken_1.1-2_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
assigning taxonomic labels to short DNA sequences
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | kraken |
| نام فایل بسته | kraken_1.1-2_amd64.deb |
| نسخه بسته | 1.1 |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://ccb.jhu.edu/software/kraken/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 753464 |
| حجم نصب | 1503 |
Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA
sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous
attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have
often used sequence alignment or machine learning techniques that were
quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster
abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity
and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel
classification algorithm.
.
In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp
reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single
core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than
the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is
comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high
precision.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| kraken_1.1-2_i386.deb | 1.1 | i386 | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.14 | libc6 |
| >= 1:3.0 | libgcc1 |
| >= 4.9 | libgomp1 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
| - | jellyfish1 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb kraken:
sudo apt-get install kraken_1.1-2_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/kraken/add_to_library.sh |
| ./usr/lib/kraken/build_kraken_db.sh |
| ./usr/lib/kraken/check_for_jellyfish.sh |
| ./usr/lib/kraken/classify |
| ./usr/lib/kraken/clean_db.sh |
| ./usr/lib/kraken/convert_gb_to_fa.pl |
| ./usr/lib/kraken/cp_into_tempfile.pl |
| ./usr/lib/kraken/db_shrink |
| ./usr/lib/kraken/db_sort |
| ./usr/lib/kraken/download_genomic_library.sh |
| ./usr/lib/kraken/download_taxonomy.sh |
| ./usr/lib/kraken/kmer_estimator |
| ./usr/lib/kraken/kraken |
| ./usr/lib/kraken/kraken-build |
| ./usr/lib/kraken/kraken-filter |
| ./usr/lib/kraken/kraken-mpa-report |
| ./usr/lib/kraken/kraken-report |
| ./usr/lib/kraken/kraken-translate |
| ./usr/lib/kraken/krakenlib.pm |
| ./usr/lib/kraken/lookup_accession_numbers.pl |
| ./usr/lib/kraken/make_seqid_to_taxid_map |
| ./usr/lib/kraken/read_merger.pl |
| ./usr/lib/kraken/report_gi_numbers.pl |
| ./usr/lib/kraken/rsync_from_ncbi.pl |
| ./usr/lib/kraken/scan_fasta_file.pl |
| ./usr/lib/kraken/set_lcas |
| ./usr/lib/kraken/shrink_db.sh |
| ./usr/lib/kraken/standard_installation.sh |
| ./usr/lib/kraken/upgrade_db.sh |
| ./usr/lib/kraken/verify_gi_numbers.pl |
| ./usr/share/doc/kraken/README.test |
| ./usr/share/doc/kraken/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/kraken/copyright |
| ./usr/share/doc/kraken/html/MANUAL.html |
| ./usr/share/doc/kraken/html/bar-bg.png |
| ./usr/share/doc/kraken/html/head.html |
| ./usr/share/doc/kraken/html/kraken.css |
| ./usr/share/doc/kraken/html/top.html |
| ./usr/share/doc/kraken/run-unit-test |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/Acartia_tonsa.fasta |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/Acinetobacter_phage.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test.fa |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/citation.dmp |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/delnodes.dmp.gz |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/division.dmp |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/gc.prt.gz |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/gencode.dmp.gz |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/gi_taxid_nucl.dmp |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/merged.dmp.gz |
| ./usr/share/doc/kraken/test_data/test_db/taxonomy/names.dmp |
| ... and 17 more |