معرفی شرکت ها
jellyfish-examples_2.2.8-3build1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
count k-mers in DNA sequences (examples for testing)
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | jellyfish-examples |
| نام فایل بسته | jellyfish-examples_2.2.8-3build1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 2.2.8 |
| انتشار بسته | 3build1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 495472 |
| حجم نصب | 1992 |
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in
DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences
of all such substrings is a central step in many analyses of DNA
sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less
memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting
packages by using an efficient encoding of a hash table and by
exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase
parallelism.
.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA
files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an
binary format, which can be translated into a human-readable text
format using the "jellyfish dump" command.
.
This package contains examples to test the package
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | jellyfish |
| >= 2.14 | libc6 |
| >= 1:3.0 | libgcc1 |
| - | libjellyfish-2.0-2 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb jellyfish-examples:
sudo apt-get install jellyfish-examples_2.2.8-3build1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/jellyfish/bin/fastq2sam |
| ./usr/lib/jellyfish/bin/generate_sequence |
| ./usr/lib/jellyfish/bin/test_all |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/copyright |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/big.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/bloom_counter.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/bloom_filter.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/compat.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/compat.sh.in |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/from_stream.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/from_stream_fastq.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/generate_fastq_sequence.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/generate_sequence.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/large_key.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/merge.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/min_qual.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/multi_file.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/multi_file_fastq.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/parallel_direct_indexing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/parallel_fastq_direct_indexing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/parallel_fastq_hashing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/parallel_fastq_sequence_hashing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/parallel_hashing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/parsers.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/quality_filter.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/raw_hash.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/sam.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/serial_direct_indexing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/serial_hashing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/small.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/small_mers.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/subset_hashing.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/swig_perl.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/swig_python.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/swig_ruby.sh |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/examples/unit_tests.sh |
| ./usr/share/lintian/overrides/jellyfish-examples |
| ./usr/lib/jellyfish/bin/jellyfish -> ../../../bin/jellyfish |
| ./usr/share/doc/jellyfish-examples/changelog.Debian.gz -> ../libjellyfish-2.0-2/changelog.Debian.gz |