معرفی شرکت ها
iva_1.0.9+ds-4ubuntu1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
iterative virus sequence assembler
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | iva |
| نام فایل بسته | iva_1.0.9+ds-4ubuntu1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 1.0.9+ds |
| انتشار بسته | 4ubuntu1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/sanger-pathogens/iva |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 8578092 |
| حجم نصب | 8766 |
IVA is a de novo assembler designed to assemble
virus genomes that have no repeat sequences,
using Illumina read pairs sequenced from mixed
populations at extremely high depth.
.
IVA's main algorithm works by iteratively extending
contigs using aligned read pairs. Its input can be
just read pairs, or additionally you can provide an
existing set of contigs to be extended. Alternatively,
it can take reads together with a reference sequence.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 1.6 | fastaq |
| - | python3-networkx |
| - | python3-pysam |
| >= 3.3.2-2~ | python3:any |
| - | kmc |
| - | mummer |
| - | smalt |
| - | samtools |
| - | python3-numpy |
| - | default-jre-headless |
نحوه نصب
نصب پکیج deb iva:
sudo apt-get install iva_1.0.9+ds-4ubuntu1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/iva |
| ./usr/bin/iva_qc |
| ./usr/bin/iva_qc_make_db |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/assembly.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/common.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/contig.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/contig_trim.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/edge.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/egg_extract.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/external_progs.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/GetFastaStats$ContigAt.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/GetFastaStats.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/GetFastaStats.java |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/SizeFasta.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/SizeFasta.java |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/SplitFastaByLetter.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/SplitFastaByLetter.java |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/Utils$Pair.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/Utils$ToProtein.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/Utils$Translate.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/Utils.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/Utils.java |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/colsum.pl |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/getCorrectnessStats.sh |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/getMummerStats.sh |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/getScaffoldStats$1.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/getScaffoldStats$Scaffold.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/getScaffoldStats.class |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/gage/getScaffoldStats.java |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/graph.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/kcount.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/kmers.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/kraken.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/mapping.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/mummer.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/qc.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/qc_external.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/embl2gff.pl |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/genbank2embl.pl |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/main.ratt.pl |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/ratt.config |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/ratt.config.hiv |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/ratt_correction.pm |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/ratt/start.ratt.sh |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/read_trim/adapters.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/read_trim.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/seed.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/seed_processor.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/iva/test_data_runner.py |
| ... and 16 more |