معرفی شرکت ها
ariba_2.11.1+ds-3_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe amd64 |
| نام بسته | ariba |
| نام فایل بسته | ariba_2.11.1+ds-3_amd64.deb |
| نسخه بسته | 2.11.1+ds |
| انتشار بسته | 3 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/sanger-pathogens/ariba |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 116836 |
| حجم نصب | 753 |
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local
assemblies.
The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA
reports which of the reference genes were found, plus detailed information on
the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads
and the reference genes.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| aribas_1.64-6_amd64.deb | 1.64 | amd64 | Ubuntu universe |
| aribas_1.64-6_i386.deb | 1.64 | i386 | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 3.12.0 | fastaq |
| << 3.7 | python3 |
| >= 3.6~ | python3 |
| >= 4.1.0 | python3-bs4 |
| >= 4.2.0 | python3-dendropy |
| - | python3-matplotlib |
| >= 0.10.2 | python3-pymummer |
| >= 0.9.1 | python3-pysam |
| >= 3.3.2-2~ | python3:any |
| >= 2.14 | libc6 |
| - | libfml0 |
| >= 1:3.0 | libgcc1 |
| - | libminimap0 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
| >= 2.1.0 | bowtie2 |
| - | cd-hit |
| - | mash |
| - | mummer |
| - | python3-tk |
نحوه نصب
نصب پکیج deb ariba:
sudo apt-get install ariba_2.11.1+ds-3_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/ariba |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/aln_to_metadata.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/assembly.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/assembly_compare.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/assembly_variants.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/bam_parse.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/card_record.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/cdhit.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/cluster.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/clusters.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/common.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/external_progs.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/faidx.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/flag.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/histogram.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/link.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/mapping.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/megares_data_finder.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/megares_zip_parser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/mic_plotter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/mlst_profile.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/mlst_reporter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/pubmlst_getter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/pubmlst_ref_preparer.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/read_filter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/read_store.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/ref_genes_getter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/ref_preparer.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/ref_seq_chooser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/refdata_query.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/reference_data.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/report.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/report_filter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/report_flag_expander.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/samtools_variants.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/scaffold_graph.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/sequence_metadata.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/sequence_variant.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/summary.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/summary_cluster.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/summary_cluster_variant.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/summary_sample.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/aln2meta.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/expandflag.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/flag.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/getref.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/micplot.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ariba/tasks/prepareref.py |
| ... and 26 more |