معرفی شرکت ها
transdecoder_5.0.1-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
find coding regions within RNA transcript sequences
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Ubuntu Bionic-18.04 |
| مخزن | Ubuntu universe all |
| نام بسته | transdecoder |
| نام فایل بسته | transdecoder_5.0.1-1_all.deb |
| نسخه بسته | 5.0.1 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://transdecoder.github.io/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 184868 |
| حجم نصب | 531 |
TransDecoder identifies candidate coding regions within transcript sequences,
such as those generated by de novo RNA-Seq transcript assembly using Trinity,
or constructed based on RNA-Seq alignments to the genome using Tophat and
Cufflinks.
.
TransDecoder identifies likely coding sequences based on the following
criteria:
* a minimum length open reading frame (ORF) is found in a transcript sequence
* a log-likelihood score similar to what is computed by the GeneID software
is > 0.
* the above coding score is greatest when the ORF is scored in the 1st
reading frame as compared to scores in the other 5 reading frames.
* if a candidate ORF is found fully encapsulated by the coordinates of
another candidate ORF, the longer one is reported. However, a single
transcript can report multiple ORFs (allowing for operons, chimeras, etc).
* optional the putative peptide has a match to a Pfam domain above the noise
cutoff score.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| transdecoder-doc_5.0.1-1_all.deb | 5.0.1 | all | Ubuntu universe |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | perl:any |
| - | liburi-perl |
| - | r-base-core |
| - | python |
نحوه نصب
نصب پکیج deb transdecoder:
sudo apt-get install transdecoder_5.0.1-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/DelimParser.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Fasta_reader.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Fasta_retriever.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/GFF3_utils.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Gene_obj.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Gene_obj_indexer.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Longest_orf.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Nuc_translator.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/PWM.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Pipeliner.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/Process_cmd.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/TiedHash.pm |
| ./usr/lib/transdecoder/PerlLib/overlapping_nucs.ph |
| ./usr/lib/transdecoder/TransDecoder.LongOrfs |
| ./usr/lib/transdecoder/TransDecoder.Predict |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/README.md |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/__deprecated/build_atgPWM.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/__deprecated/build_pwm.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/__deprecated/optimize_atgPWM.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/__deprecated/optimize_atgPWM_+-.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/__deprecated/optimize_atgPWM_+-.predict.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/__deprecated/score_atgPWM.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/build_atgPWM_+-.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/compute_AUC.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/deplete_feature_noise.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/feature_scores_to_ROC.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/feature_scoring.+-.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/make_seqLogo.Rscript |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/plot_ROC.Rscript |
| ./usr/lib/transdecoder/util/PWM/simulate_feature_seq_from_PWM.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/__pwm_tests/cleanMe.sh |
| ./usr/lib/transdecoder/util/__pwm_tests/longest_orfs.cds.top_longest_5000.nr80.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/util/__pwm_tests/runMe.sh |
| ./usr/lib/transdecoder/util/bin/.hidden |
| ./usr/lib/transdecoder/util/cdna_alignment_orf_to_genome_orf.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/compute_base_probs.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/cufflinks_gtf_genome_to_cdna_fasta.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/cufflinks_gtf_to_alignment_gff3.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/cufflinks_gtf_to_bed.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/exclude_similar_proteins.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/extract_FL_subset.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/ffindex_resume.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/gene_list_to_gff.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/get_FL_accs.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/get_longest_ORF_per_transcript.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/get_top_longest_fasta_entries.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/gff3_file_to_bed.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/gff3_file_to_proteins.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/index_gff3_files_by_isoform.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/util/misc/__init__.py |
| ... and 23 more |