معرفی شرکت ها

atac_0~20150903+r2013-3_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

genome assembly-to-assembly comparison
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Ubuntu Bionic-18.04
مخزن Ubuntu universe amd64
نام بسته atac
نام فایل بسته atac_0~20150903+r2013-3_amd64.deb
نسخه بسته 0~20150903+r2013
انتشار بسته 3
معماری بسته amd64
نگهدارنده Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://kmer.sourceforge.net
مجوز -
حجم دانلود 385252
حجم نصب 2683
atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome. . The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions. . Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences. . This package is part of the Kmer suite.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
atac_0~20150903+r2013-3_i386.deb 0~20150903+r2013 i386 Ubuntu universe


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.14 libc6
>= 1:3.0 libgcc1
>= 5.2 libstdc++6
- python2.7
>= 2.7.5-5~ python:any
- perl:any
- libfile-which-perl
- leaff
- meryl
- gnuplot


نحوه نصب


نصب پکیج deb atac:

    sudo apt-get install atac_0~20150903+r2013-3_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/atac
./usr/lib/atac/bin/AtacDriver.py
./usr/lib/atac/bin/cleanAtac
./usr/lib/atac/bin/clumpMaker
./usr/lib/atac/bin/coalesceMatches
./usr/lib/atac/bin/correctGaps
./usr/lib/atac/bin/extractSequence
./usr/lib/atac/bin/extractUnmapped
./usr/lib/atac/bin/gapShifter
./usr/lib/atac/bin/happy-clones-span-clumps
./usr/lib/atac/bin/heavychains
./usr/lib/atac/bin/lengthFilter
./usr/lib/atac/bin/makeplot.pl
./usr/lib/atac/bin/matchExtender
./usr/lib/atac/bin/mismatchCounter
./usr/lib/atac/bin/overlap
./usr/lib/atac/bin/projectFeatures
./usr/lib/atac/bin/seatac
./usr/lib/atac/bin/statsGenerator
./usr/lib/atac/bin/testAtac
./usr/lib/atac/bin/uniqueFilter
./usr/lib/atac/lib/AtacDriver.py
./usr/lib/atac/lib/AtacFile.py
./usr/lib/atac/lib/DNA.py
./usr/lib/atac/lib/IdxStore.py
./usr/lib/atac/lib/MatchRecord.py
./usr/lib/atac/lib/MyFile.py
./usr/lib/atac/lib/PerfectRuns.py
./usr/lib/atac/lib/TrimMatchOverlaps.py
./usr/lib/atac/lib/UniqueFilter.py
./usr/lib/atac/lib/dedashMatches.py
./usr/lib/atac/lib/fillIntraRunGaps.py
./usr/lib/atac/lib/filter-heavychains.so
./usr/lib/atac/lib/filter-nop.so
./usr/lib/atac/lib/halignmodule.so
./usr/lib/atac/lib/localAlignerInterfacemodule.so
./usr/lib/atac/lib/mkstats.py
./usr/lib/atac/lib/squeezeIntraRunGaps.py
./usr/share/doc/atac/README.atac
./usr/share/doc/atac/copyright
./usr/share/man/man1/atac.1.gz
./usr/share/python/runtime.d/atac.rtupdate
./usr/share/doc/atac/changelog.Debian.gz -> ../leaff/changelog.Debian.gz