معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

دانلود نسخه باینری

توضیحات

Quantile normalization and base calling for second generation sequencing data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	Linux
توزیع	Fedora 37
مخزن	Fedora Everything i686
نام بسته	R-Rsolid
نام فایل بسته	R-Rsolid-0.9.31-40.fc37.src.rpm
نسخه بسته	0.9.31
انتشار بسته	40.fc37
معماری بسته	i686
نگهدارنده	-
تاریخ ساخت	Sun 04 Sep 2022 03
هاست سازنده	buildvm-x86-21.iad2.fedoraproject.org
نوع بسته	.rpm
آدرس صفحه اصلی	http://rafalab.jhsph.edu/Rsolid/
مجوز	Artistic 2.0
حجم دانلود	7.1M
حجم نصب	7.118M

Rsolid is an R package for normalizing fluorescent intensity data from ABI/SOLiD second generation sequencing platform. It has been observed that the color-calls provided by factory software contain technical artifacts, where the proportions of colors called are extremely variable across sequencing cycles. Under the random DNA fragmentation assumption, these proportions should be equal across sequencing cycles and proportional to the dinucleotide frequencies of the sample. Rsolid implements a version of the quantile normalization algorithm that transforms the intensity values before calling colors. Results show that after normalization, the total number of mappable reads increases by around 5%, and number of perfectly mapped reads increases by 10%. Moreover a 2-5% reduction in overall error rates is observed, with a 2-6% reduction in the rate of valid adjacent color mis-matches. The latter is important, since it leads to a decrease in false-positive SNP calls. The normalization algorithm is computationally efficient. In a test we are able to process 300 million reads in 2 hours using 10 computer cluster nodes. The engine functions of the package are written in C for better performance.

جایگزین ها

بسته	نسخه	معماری	مخزن
R-Rsolid-0.9.31-40.fc37.aarch64.rpm	0.9.31	aarch64	Fedora Everything
R-Rsolid-0.9.31-40.fc37.i686.rpm	0.9.31	i686	Fedora Everything
R-Rsolid-0.9.31-40.fc37.x86_64.rpm	0.9.31	x86_64	Fedora Everything
R-Rsolid-debuginfo-0.9.31-40.fc37.aarch64.rpm	0.9.31	aarch64	Fedora Everything
R-Rsolid-debuginfo-0.9.31-40.fc37.i686.rpm	0.9.31	i686	Fedora Everything
R-Rsolid-debuginfo-0.9.31-40.fc37.x86_64.rpm	0.9.31	x86_64	Fedora Everything
R-Rsolid-debugsource-0.9.31-40.fc37.aarch64.rpm	0.9.31	aarch64	Fedora Everything
R-Rsolid-debugsource-0.9.31-40.fc37.i686.rpm	0.9.31	i686	Fedora Everything
R-Rsolid-debugsource-0.9.31-40.fc37.x86_64.rpm	0.9.31	x86_64	Fedora Everything
R-Rsolid-devel-0.9.31-40.fc37.aarch64.rpm	0.9.31	aarch64	Fedora Everything
R-Rsolid-devel-0.9.31-40.fc37.i686.rpm	0.9.31	i686	Fedora Everything
R-Rsolid-devel-0.9.31-40.fc37.x86_64.rpm	0.9.31	x86_64	Fedora Everything

نیازمندی

مقدار	نام
>= 3.4.0	R-devel
-	hdf5-devel
-	tex(latex)

ارائه دهنده

مقدار	نام
= 0.9.31-40.fc37	R-Rsolid
= 0.9.31-40.fc37	R-Rsolid-devel
= 0.9.31-40.fc37	R-Rsolid-debuginfo
= 0.9.31-40.fc37	R-Rsolid-debugsource

نحوه نصب

نصب پکیج rpm R-Rsolid:

dnf install R-Rsolid-0.9.31-40.fc37.src.rpm

فایل ها

مسیرها
R-Rsolid-R3.patch
R-Rsolid.spec

گزارش تغییرات

تاریخ آخرین تغییر	جزئیات
2022-09-03	R 4.2.1
2022-07-20	Rebuilt for https://fedoraproject.org/wiki/Fedora_37_Mass_Rebuild
2022-01-19	Rebuilt for https://fedoraproject.org/wiki/Fedora_36_Mass_Rebuild
2021-11-21	Rebuild for hdf5 1.12.1
2021-08-10	Rebuild for hdf5 1.10.7
2021-07-21	Rebuilt for https://fedoraproject.org/wiki/Fedora_35_Mass_Rebuild
2021-01-25	Rebuilt for https://fedoraproject.org/wiki/Fedora_34_Mass_Rebuild