معرفی شرکت ها

tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_s390x.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main s390x
نام بسته tophat
نام فایل بسته tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_s390x.deb
نسخه بسته 2.1.1+dfsg1
انتشار بسته 2+b1
معماری بسته s390x
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://ccb.jhu.edu/software/tophat
مجوز -
حجم دانلود 601612
حجم نصب 3999
TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_amd64.deb 2.1.1+dfsg1 amd64 Debian main
tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_arm64.deb 2.1.1+dfsg1 arm64 Debian main
tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_mips64el.deb 2.1.1+dfsg1 mips64el Debian main
tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_ppc64el.deb 2.1.1+dfsg1 ppc64el Debian main


نیازمندی

مقدار نام
- libboost-system1.67.0
- libboost-thread1.67.0
>= 2.15 libc6
>= 1:3.0 libgcc1
>= 5.2 libstdc++6
>= 1:1.2.3.3 zlib1g
- python
- bowtie2 | bowtie
>= 1.5 samtools


نحوه نصب


نصب پکیج deb tophat:

    sudo apt-get install tophat_2.1.1+dfsg1-2+b1_s390x.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/bam2fastx
./usr/bin/bam_merge
./usr/bin/bed_to_juncs
./usr/bin/contig_to_chr_coords
./usr/bin/fix_map_ordering
./usr/bin/gtf_juncs
./usr/bin/gtf_to_fasta
./usr/bin/juncs_db
./usr/bin/long_spanning_reads
./usr/bin/map2gtf
./usr/bin/prep_reads
./usr/bin/sam_juncs
./usr/bin/segment_juncs
./usr/bin/sra_to_solid
./usr/bin/tophat
./usr/bin/tophat-fusion-post
./usr/bin/tophat2
./usr/bin/tophat_reports
./usr/share/doc/tophat/README
./usr/share/doc/tophat/README.test
./usr/share/doc/tophat/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/tophat/changelog.Debian.s390x.gz
./usr/share/doc/tophat/copyright
./usr/share/doc/tophat/run-unit-test
./usr/share/doc/tophat/test_data/reads_1.fq.gz
./usr/share/doc/tophat/test_data/reads_2.fq.gz
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.1.bt2.gz
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.1.ebwt.gz
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.2.bt2
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.2.ebwt
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.3.bt2
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.4.bt2
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.fa
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.rev.1.bt2.gz
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.rev.1.ebwt.gz
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.rev.2.bt2
./usr/share/doc/tophat/test_data/test_ref.rev.2.ebwt
./usr/share/man/man1/bam2fastx.1.gz
./usr/share/man/man1/bed_to_juncs.1.gz
./usr/share/man/man1/contig_to_chr_coords.1.gz
./usr/share/man/man1/tophat.1.gz