معرفی شرکت ها

smalr_1.1+dfsg-2_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

interrogation of the methylation status of nucleotide sequencing reads
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main all
نام بسته smalr
نام فایل بسته smalr_1.1+dfsg-2_all.deb
نسخه بسته 1.1+dfsg
انتشار بسته 2
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/fanglab/SMALR
مجوز -
حجم دانلود 23020
حجم نصب 102
The SMALR package conducts single-molecule level interrogation of the methylation status of single-molecule real-time (SMRT) sequencing reads. There are two protocols available for use within the pipeline, SMsn and SMp. * SMsn: Single-molecule, single nucleotide analysis Each motif site on each sequencing molecule is assessed for methylation status. This is designed for use with short (~250bp) sequencing library preps, where the long read lengths of SMRT reads enables multiple passes over each motif site. The reliability of the SMsn scores increases with more passes (i.e. higher single-molecule coverage). * SMp: Single-molecule, motif-pooled analysis All motif sites on a sequencing molecule are pooled together and the molecule-wide methylation status for the given motif is assessed. This is designed for use with long (10Kb+) sequencing library preps, where each single long subread can span many distinct motif sites. The reliability of the SMp scores increases with increasing number of distinct motif sites contained in the subread.


نیازمندی

مقدار نام
- cython
- python-h5py
- python-numpy
- python-pbcore
<< 2.8 python:any
>= 2.7~ python:any
- samtools
>= 0.7 bwa
>= 3.0 r-base-core
- r-cran-seqinr


نحوه نصب


نصب پکیج deb smalr:

    sudo apt-get install smalr_1.1+dfsg-2_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/smalr
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/CCS_aligner.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/R/call_motifFinder.r
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/R/motifFinder.r
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/SmalrConfig.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/__init__.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/parse_mol_aligns.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/sam_parser.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/smalr.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr/smalr_multicontig.py
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr-1.1.egg-info/PKG-INFO
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr-1.1.egg-info/dependency_links.txt
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr-1.1.egg-info/entry_points.txt
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr-1.1.egg-info/not-zip-safe
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr-1.1.egg-info/requires.txt
./usr/lib/python2.7/dist-packages/smalr-1.1.egg-info/top_level.txt
./usr/share/doc/smalr/README.rst
./usr/share/doc/smalr/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/smalr/copyright