معرفی شرکت ها
discosnp_2.3.0-2_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Buster-10 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | discosnp |
| نام فایل بسته | discosnp_2.3.0-2_amd64.deb |
| نسخه بسته | 2.3.0 |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://colibread.inria.fr/discosnp/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 793000 |
| حجم نصب | 1604 |
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation
Sequencers (NGS).
.
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two,
or more. Note also that no other data as reference genome or annotations
are needed.
.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs
from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by
computing per read set and for each found SNP:
.
1) its mean read coverage
2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
.
This program is superseded by DiscoSnp++.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| discosnp_2.3.0-2_arm64.deb | 2.3.0 | arm64 | Debian main |
| discosnp_2.3.0-2_i386.deb | 2.3.0 | i386 | Debian main |
| discosnp_2.3.0-2_mips64el.deb | 2.3.0 | mips64el | Debian main |
| discosnp_2.3.0-2_ppc64el.deb | 2.3.0 | ppc64el | Debian main |
| discosnp_2.3.0-2_s390x.deb | 2.3.0 | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.14 | libc6 |
| >= 1.4.1 | libgatbcore2 |
| >= 1:3.0 | libgcc1 |
| - | libhdf5-103 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
| - | python3:any |
| - | python3 |
| - | gatb-core |
نحوه نصب
نصب پکیج deb discosnp:
sudo apt-get install discosnp_2.3.0-2_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/kissnp2 |
| ./usr/bin/kissreads2 |
| ./usr/bin/run_discoSnp++.sh |
| ./usr/bin/run_discoSnpRad.sh |
| ./usr/lib/discosnp/bin/quick_hierarchical_clustering |
| ./usr/lib/discosnp/bin/read_file_names |
| ./usr/share/discosnp/scripts/ClassVCF_creator.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/VCF_creator.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/create_IGV_compatible_VCF.sh |
| ./usr/share/discosnp/scripts/discoSnp++_to_csv.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/filterOnBestDP_multiple_variant_at_same_pos.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/filter_out_using_MAF.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/filter_out_using_ratio_of_covered_files.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/functionObjectVCF_creator.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/keep_extensions_disco_file.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/one2zeroBased_vcf.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/remove_extensions_disco_file.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/remove_non_covered_genotypes.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/run_VCF_creator.sh |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/1SNP_by_cluster.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/README.md |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/clusters_and_fasta_to_fasta.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/discoRAD_finalization.sh |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/filter_missgeno.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/filter_paralogs.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/filter_rank_vcf.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/filter_vcf_by_indiv_cov_and_max_missing.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts_RAD/format_VCF_with_cluster_ids.py |
| ./usr/share/doc/discosnp/README.Debian |
| ./usr/share/doc/discosnp/README.md |
| ./usr/share/doc/discosnp/README.test |
| ./usr/share/doc/discosnp/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/copyright |
| ./usr/share/doc/discosnp/discoSnp_user_guide.odt |
| ./usr/share/doc/discosnp/discoSnp_user_guide.pdf.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/discoSnp_user_guide.txt.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/release_note.txt.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/run-unit-test |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/fof.txt |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/large_test/fof_rad.txt |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/large_test/large_test.sh |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/large_test/local_large_test.sh.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/large_test/rad_option_test/fof_rad.txt_radtest_k_31_c_auto_D_0_P_4_b_2_removemeplease |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/large_test/rad_option_test/loci_reads.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/large_test/rad_option_test/radref_k_31_c_auto_D_0_P_4_b_2_coherent.fa |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/reads_sequence1.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/reads_sequence2.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/ref_discoRes_k_31_c_auto_D_100_P_1_b_0_coherent.fa.gz |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/ref_discoRes_k_31_c_auto_D_100_P_1_b_0_coherent.vcf |
| ./usr/share/doc/discosnp/test/ref_version.txt |
| ... and 12 more |