معرفی شرکت ها
python3-sqt_0.8.0-3_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Buster-10 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | python3-sqt |
| نام فایل بسته | python3-sqt_0.8.0-3_amd64.deb |
| نسخه بسته | 0.8.0 |
| انتشار بسته | 3 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://bitbucket.org/marcelm/sqt |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 125304 |
| حجم نصب | 416 |
sqt is a collection of command-line tools for working with
high-throughput sequencing data. Conceptionally not fixed to use any
particular language, many sqt subcommands are currently implemented
in Python. For them, a Python package is available with functions for
reading and writing FASTA/FASTQ files, computing alignments, quality
trimming, etc.
.
The following tools are offered:
* sqt-coverage -- Compute per-reference statistics such as coverage
and GC content
* sqt-fastqmod -- FASTQ modifications: shorten, subset, reverse
complement, quality trimming.
* sqt-fastastats -- Compute N50, min/max length, GC content etc. of
a FASTA file
* sqt-qualityguess -- Guess quality encoding of one or more FASTA files.
* sqt-globalalign -- Compute a global or semiglobal alignment of two strings.
* sqt-chars -- Count length of the first word given on the command line.
* sqt-sam-cscq -- Add the CS and CQ tags to a SAM file with colorspace reads.
* sqt-fastamutate -- Add substitutions and indels to sequences in a
FASTA file.
* sqt-fastaextract -- Efficiently extract one or more regions from an
indexed FASTA file.
* sqt-translate -- Replace characters in FASTA files (like the 'tr'
command).
* sqt-sam-fixn -- Replace all non-ACGT characters within reads in a
SAM file.
* sqt-sam-insertsize -- Mean and standard deviation of paired-end
insert sizes.
* sqt-sam-set-op -- Set operations (union, intersection, ...) on
SAM/BAM files.
* sqt-bam-eof -- Check for the End-Of-File marker in compressed
BAM files.
* sqt-checkfastqpe -- Check whether two FASTQ files contain correctly
paired paired-end data.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| python3-sqt_0.8.0-3_arm64.deb | 0.8.0 | arm64 | Debian main |
| python3-sqt_0.8.0-3_mips64el.deb | 0.8.0 | mips64el | Debian main |
| python3-sqt_0.8.0-3_ppc64el.deb | 0.8.0 | ppc64el | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.14 | libc6 |
| << 3.8 | python3 |
| >= 3.7~ | python3 |
| - | python3-cutadapt |
| - | python3-matplotlib |
| >= 0.10 | python3-pysam |
| - | python3-seaborn |
| - | python3-xopen |
| - | python3:any |
نحوه نصب
نصب پکیج deb python3-sqt:
sudo apt-get install python3-sqt_0.8.0-3_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/sqt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/__main__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/_codons.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/_helpers.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/_version.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/align.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/ansicolor.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/args.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/cigar.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/colorspace.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/addadapt.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/align.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/bam2fastq.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/bameof.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/bamstats.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/chars.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/checkfastqpe.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/checkvcfref.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/compare_sequences.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/coverage.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/cutvect.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/fastaextract.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/fastagrep.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/fastastats.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/fastxmod.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/fixbam64.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/histogram.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/mutate.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/qgramfreq.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/qualityguess.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/randomseq.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/readcov.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/readlenhisto.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/samfixn.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/samsetop.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/simreads.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/commands/translate.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/compat.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/dna.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/intervaltree.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/io/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/io/bam.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/io/fasta.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/io/gtf.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/io/sff.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/math.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/qualtrim.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/sqt/reads.py |
| ... and 12 more |