معرفی شرکت ها

sortmerna_2.1-3_i386.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main i386
نام بسته sortmerna
نام فایل بسته sortmerna_2.1-3_i386.deb
نسخه بسته 2.1
انتشار بسته 3
معماری بسته i386
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://bioinfo.lifl.fr/RNA/sortmerna/
مجوز -
حجم دانلود 538588
حجم نصب 1039
SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
sortmerna_2.1-3_amd64.deb 2.1 amd64 Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.4 libc6
>= 1:4.2 libgcc1
>= 4.9 libgomp1
>= 5.2 libstdc++6
- sse2-support


نحوه نصب


نصب پکیج deb sortmerna:

    sudo apt-get install sortmerna_2.1-3_i386.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/indexdb_rna
./usr/bin/sortmerna
./usr/share/doc/sortmerna/SortMeRNA-User-Manual-2.1.pdf
./usr/share/doc/sortmerna/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/sortmerna/changelog.gz
./usr/share/doc/sortmerna/copyright
./usr/share/doc-base/sortmerna
./usr/share/lintian/overrides/sortmerna
./usr/share/man/man1/indexdb_rna.1.gz
./usr/share/man/man1/sortmerna.1.gz
./usr/share/sortmerna/rRNA_databases/README.txt
./usr/share/sortmerna/rRNA_databases/scripts/edit_U_to_T_rna.py
./usr/share/sortmerna/rRNA_databases/scripts/fetch_rrna_data.sh
./usr/share/sortmerna/rRNA_databases/scripts/generate_databases.sh
./usr/share/sortmerna/rRNA_databases/scripts/hmmer_clean.sh
./usr/share/sortmerna/scripts/merge-paired-reads.sh
./usr/share/sortmerna/scripts/unmerge-paired-reads.sh