معرفی شرکت ها


augustus_3.3.2+dfsg-2_armel.deb


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

gene prediction in eukaryotic genomes
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main armel
نام بسته augustus
نام فایل بسته augustus_3.3.2+dfsg-2_armel.deb
نسخه بسته 3.3.2+dfsg
انتشار بسته 2
معماری بسته armel
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
مجوز -
حجم دانلود 984184
حجم نصب 4331
AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
augustus-data_3.3.2+dfsg-2_all.deb 3.3.2+dfsg all Debian main
augustus-doc_3.3.2+dfsg-2_all.deb 3.3.2+dfsg all Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_amd64.deb 3.3.2+dfsg amd64 Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_arm64.deb 3.3.2+dfsg arm64 Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_armhf.deb 3.3.2+dfsg armhf Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_mips.deb 3.3.2+dfsg mips Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_mips64el.deb 3.3.2+dfsg mips64el Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_mipsel.deb 3.3.2+dfsg mipsel Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_ppc64el.deb 3.3.2+dfsg ppc64el Debian main
augustus_3.3.2+dfsg-2_s390x.deb 3.3.2+dfsg s390x Debian main


نیازمندی

مقدار نام
- libbamtools2.5.1
- libbz2-1.0
>= 2.15 libc6
>= 7.23.1 libcurl3-nss
>= 1:3.5 libgcc1
>= 1.0 libhts2
>= 5.1.1alpha+20110809 liblzma5
>= 6 libncurses6
>= 1.1.0 libssl1.1
>= 6 libstdc++6
>= 6 libtinfo6
>= 1:1.2.3.3 zlib1g
- augustus-data


نحوه نصب


نصب پکیج deb augustus:

    sudo apt-get install augustus_3.3.2+dfsg-2_armel.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/aln2wig
./usr/bin/augustus
./usr/bin/bam2hints
./usr/bin/bam2wig
./usr/bin/checkTargetSortedness
./usr/bin/compileSpliceCands
./usr/bin/etraining
./usr/bin/fastBlockSearch
./usr/bin/filterBam
./usr/bin/homGeneMapping
./usr/bin/joingenes
./usr/bin/prepareAlign
./usr/share/augustus/scripts/README.autoAug
./usr/share/augustus/scripts/SplicedAlignment.pm
./usr/share/augustus/scripts/aa2nonred.pl
./usr/share/augustus/scripts/augustus2browser.pl
./usr/share/augustus/scripts/augustus2gbrowse.pl
./usr/share/augustus/scripts/autoAug.pl
./usr/share/augustus/scripts/autoAugPred.pl
./usr/share/augustus/scripts/autoAugTrain.pl
./usr/share/augustus/scripts/autoRun.pathInfo
./usr/share/augustus/scripts/bedgraph2wig.pl
./usr/share/augustus/scripts/blat2gbrowse.pl
./usr/share/augustus/scripts/blat2hints.pl
./usr/share/augustus/scripts/block2prfl.pl
./usr/share/augustus/scripts/cegma2gff.pl
./usr/share/augustus/scripts/checkParamArchive.pl
./usr/share/augustus/scripts/checkUTR
./usr/share/augustus/scripts/cleanDOSfasta.pl
./usr/share/augustus/scripts/clusterAndSplitGenes.pl
./usr/share/augustus/scripts/computeFlankingRegion.pl
./usr/share/augustus/scripts/createAugustusJoblist.pl
./usr/share/augustus/scripts/del_from_prfl.pl
./usr/share/augustus/scripts/evalCGP.pl
./usr/share/augustus/scripts/eval_dualdecomp.pl
./usr/share/augustus/scripts/eval_multi_gtf.pl
./usr/share/augustus/scripts/exonerate2hints.pl
./usr/share/augustus/scripts/exoniphyDb2hints.pl
./usr/share/augustus/scripts/extractTranscriptEnds.pl
./usr/share/augustus/scripts/filter-ppx.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterGenes.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterGenesIn.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterGenesIn_mRNAname.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterGenesOut_mRNAname.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterInFrameStopCodons.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterMaf.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterPSL.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterShrimp.pl
./usr/share/augustus/scripts/filterSpliceHints.pl
./usr/share/augustus/scripts/findGffNamesInFasta.pl
... and 80 more