معرفی شرکت ها

centrifuge_1.0.3-2_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main amd64
نام بسته centrifuge
نام فایل بسته centrifuge_1.0.3-2_amd64.deb
نسخه بسته 1.0.3
انتشار بسته 2
معماری بسته amd64
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge/
مجوز -
حجم دانلود 530844
حجم نصب 1650
Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.14 libc6
>= 1:3.0 libgcc1
>= 5.2 libstdc++6
- python
- hisat2
- jellyfish


نحوه نصب


نصب پکیج deb centrifuge:

    sudo apt-get install centrifuge_1.0.3-2_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/centrifuge
./usr/lib/centrifuge/centrifuge
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-BuildSharedSequence.pl
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-RemoveEmptySequence.pl
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-RemoveN.pl
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-build
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-build-bin
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-class
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-compress.pl
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-download
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-inspect
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-inspect-bin
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-kreport
./usr/lib/centrifuge/centrifuge-sort-nt.pl
./usr/lib/centrifuge/share/centrifuge/indices/Makefile
./usr/share/doc/centrifuge/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/centrifuge/copyright
./usr/share/doc/centrifuge/html/add.css
./usr/share/doc/centrifuge/html/faq.shtml
./usr/share/doc/centrifuge/html/footer.inc.html
./usr/share/doc/centrifuge/html/index.shtml.gz
./usr/share/doc/centrifuge/html/manual.html
./usr/share/doc/centrifuge/html/manual.inc.html
./usr/share/doc/centrifuge/html/manual.shtml
./usr/share/doc/centrifuge/html/sidebar.inc.shtml.gz
./usr/share/doc/centrifuge/html/style.css
./usr/share/man/man1/centrifuge-build.1.gz
./usr/share/man/man1/centrifuge-compress.1.gz
./usr/share/man/man1/centrifuge-download.1.gz
./usr/share/man/man1/centrifuge-inspect.1.gz
./usr/share/man/man1/centrifuge.1.gz
./usr/bin/centrifuge-build -> centrifuge
./usr/bin/centrifuge-compress -> centrifuge
./usr/bin/centrifuge-download -> centrifuge
./usr/bin/centrifuge-inspect -> centrifuge