معرفی شرکت ها

prottest_3.4.2+dfsg-3_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

selection of best-fit models of protein evolution
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main all
نام بسته prottest
نام فایل بسته prottest_3.4.2+dfsg-3_all.deb
نسخه بسته 3.4.2+dfsg
انتشار بسته 3
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/ddarriba/prottest3
مجوز -
حجم دانلود 345404
حجم نصب 493
PROTTEST (ModelTest's relative) is a program for selecting the model of protein evolution that best fits a given set of sequences (alignment). This java program is based on the Phyml program (for maximum likelihood calculations and optimization of parameters) and uses the PAL library as well. Models included are empirical substitution matrices (such as WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb, and HIVw) that indicate relative rates of amino acid replacement, and specific improvements (+I:invariable sites, +G: rate heterogeneity among sites, +F: observed amino acid frequencies) to account for the evolutionary constraints impossed by conservation of protein structure and function. ProtTest uses the Akaike Information Criterion (AIC) and other statistics (AICc and BIC) to find which of the candidate models best fits the data at hand.


نیازمندی

مقدار نام
- alter-sequence-alignment
- libmpj-java
- libpal-java
- java-wrappers
- phyml


نحوه نصب


نصب پکیج deb prottest:

    sudo apt-get install prottest_3.4.2+dfsg-3_all.deb


فایل ها

مسیرها
./etc/prottest/prottest.properties
./usr/bin/prottest
./usr/share/doc/prottest/README.Debian
./usr/share/doc/prottest/README.gz
./usr/share/doc/prottest/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/prottest/changelog.gz
./usr/share/doc/prottest/copyright
./usr/share/doc/prottest/examples/COX2_PF0016/alignment
./usr/share/doc/prottest/examples/COX2_PF0016/tree
./usr/share/doc/prottest/examples/HIV1.2008.pol.nex
./usr/share/doc/prottest/examples/Ribosomal_L5_PF00673/alignment
./usr/share/doc/prottest/examples/Ribosomal_L5_PF00673/tree
./usr/share/man/man1/prottest.1.gz
./usr/share/prottest/models/FLU
./usr/share/prottest/prottest-3.4.2.jar
./usr/share/java/prottest.jar -> ../prottest/prottest.jar
./usr/share/prottest/examples -> ../doc/prottest/examples
./usr/share/prottest/prottest.jar -> prottest-3.4.2.jar
./usr/share/prottest/prottest.properties -> /etc/prottest/prottest.properties