معرفی شرکت ها

metaphlan2_2.7.8-1_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Metagenomic Phylogenetic Analysis
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main all
نام بسته metaphlan2
نام فایل بسته metaphlan2_2.7.8-1_all.deb
نسخه بسته 2.7.8
انتشار بسته 1
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2
مجوز -
حجم دانلود 611272
حجم نصب 1160
MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea, Eukaryotes and Viruses) from metagenomic shotgun sequencing data with species level resolution. From version 2.0, MetaPhlAn is also able to identify specific strains (in the not-so-frequent cases in which the sample contains a previously sequenced strains) and to track strains across samples for all species. . MetaPhlAn 2.0 relies on ~1M unique clade-specific marker genes (the marker information file can be found at usr/share/metaphlan2/utils/markers_info.txt.bz2) identified from ~17,000 reference genomes (~13,500 bacterial and archaeal, ~3,500 viral, and ~110 eukaryotic), allowing: . * unambiguous taxonomic assignments; * accurate estimation of organismal relative abundance; * species-level resolution for bacteria, archaea, eukaryotes and viruses; * strain identification and tracking * orders of magnitude speedups compared to existing methods. * metagenomic strain-level population genomics


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
metaphlan2-data_2.6.0+ds-4_all.deb 2.6.0+ds all Debian main


نیازمندی

مقدار نام
- python:any
- metaphlan2-data
- python-biom-format
- python-msgpack
- python-pandas
- bowtie2


نحوه نصب


نصب پکیج deb metaphlan2:

    sudo apt-get install metaphlan2_2.7.8-1_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/metaphlan2
./usr/bin/strainphlan
./usr/share/doc/metaphlan2/README.html
./usr/share/doc/metaphlan2/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/metaphlan2/changelog.gz
./usr/share/doc/metaphlan2/copyright
./usr/share/doc/metaphlan2/images/1574126761-RAxML_bestTree.s__Bacteroides_caccae.tree.metadata.png
./usr/share/doc/metaphlan2/images/1771497600-snp_distance.png
./usr/share/doc/metaphlan2/images/476974413-tree_alignment.png
./usr/share/doc/metaphlan2/images/get-pngs
./usr/share/man/man1/metaphlan2.1.gz
./usr/share/man/man1/strainphlan.1.gz
./usr/share/metaphlan2/__init__.py
./usr/share/metaphlan2/_metaphlan2.py
./usr/share/metaphlan2/metaphlan2.py
./usr/share/metaphlan2/plugin_setup.py
./usr/share/metaphlan2/strainphlan.py
./usr/share/metaphlan2/utils/extract_markers.py
./usr/share/metaphlan2/utils/merge_metaphlan_tables.py
./usr/share/metaphlan2/utils/metaphlan2krona.py
./usr/share/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py
./usr/share/metaphlan2/utils/plot_bug.py
./usr/share/metaphlan2/utils/read_fastx.py
./usr/share/metaphlan2/utils/species2genomes.txt
./usr/share/python/runtime.d/metaphlan2.rtupdate