معرفی شرکت ها

conservation-code_20110309.0-7_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

protein sequence conservation scoring tool
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Buster-10
مخزن Debian main all
نام بسته conservation-code
نام فایل بسته conservation-code_20110309.0-7_all.deb
نسخه بسته 20110309.0
انتشار بسته 7
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/
مجوز -
حجم دانلود 23680
حجم نصب 113
This package provides score_conservation(1), a tool to score protein sequence conservation. . The following conservation scoring methods are implemented: * sum of pairs * weighted sum of pairs * Shannon entropy * Shannon entropy with property groupings (Mirny and Shakhnovich 1995, Valdar and Thornton 2001) * relative entropy with property groupings (Williamson 1995) * von Neumann entropy (Caffrey et al 2004) * relative entropy (Samudrala and Wang 2006) * Jensen-Shannon divergence (Capra and Singh 2007) . A window-based extension that incorporates the estimated conservation of sequentially adjacent residues into the score for each column is also given. This window approach can be applied to any of the conservation scoring methods. . The program accepts alignments in the CLUSTAL and FASTA formats. . The sequence-specific output can be used as the conservation input for concavity. . Conservation is highly predictive in identifying catalytic sites and residues near bound ligands.


نیازمندی

مقدار نام
- python:any
- python-numpy


نحوه نصب


نصب پکیج deb conservation-code:

    sudo apt-get install conservation-code_20110309.0-7_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/share/conservation-code/distributions/blosum62.distribution
./usr/share/conservation-code/distributions/pf.distribution
./usr/share/conservation-code/distributions/swissprot.distribution
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum100.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum100.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum30.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum35.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum35.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum40.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum40.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum45.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum45.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum50.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum50.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum62.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum62.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum62_3.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum80.bla
./usr/share/conservation-code/matrix/blosum80.qij
./usr/share/conservation-code/matrix/blosumn.qij
./usr/share/conservation-code/score_conservation.py
./usr/share/doc/conservation-code/README
./usr/share/doc/conservation-code/README.test
./usr/share/doc/conservation-code/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/conservation-code/changelog.gz
./usr/share/doc/conservation-code/copyright
./usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln
./usr/share/doc/conservation-code/installation-test
./usr/share/doc/conservation-code/non-default-params-test
./usr/share/man/man1/score_conservation.1.gz
./usr/share/python/runtime.d/conservation-code.rtupdate
./usr/bin/score_conservation -> ../share/conservation-code/score_conservation.py