معرفی شرکت ها
mindthegap-examples_2.2.2-2_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
optional scripts and example resources for mindthegap
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | mindthegap-examples |
| نام فایل بسته | mindthegap-examples_2.2.2-2_all.deb |
| نسخه بسته | 2.2.2 |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/GATB/MindTheGap |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 613684 |
| حجم نصب | 699 |
Designed to call insertions of any size, whether they are novel or
duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. it takes
as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets
of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection
insertion sites, the other is the set of assembled insertions for
each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly
finishing tool. It can fill the gap between a set of input contigs
without any a priori on their relative order and orientation. It
outputs the results in gfa file. Please note that this package is
meant to accommodate the mindthegap package and only acts as example
to how this package can be utilised.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3 |
| << 12.1.1~ | bsdextrautils | bsdmainutils |
نحوه نصب
نصب پکیج deb mindthegap-examples:
sudo apt-get install mindthegap-examples_2.2.2-2_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/data/contig-reads.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/data/contigs.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/data/reads_r1.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/data/reads_r2.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/data/reference.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/data/regions.bed |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/compare_vcf.sh |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/README |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/genome-variant.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/genome.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/gold.gfa.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/gold.info.txt |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/gold.insertions.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/gold.log |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/contig_test/gold_seed_dictionary.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/eval.cpp.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/README.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/allele1.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/allele2.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold.bed |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold.breakpoints |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold.insertions.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold.insertions.vcf |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold.othervariants.vcf |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_bed.breakpoints |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_bed.info.txt |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_bed.insertions.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_bed.insertions.vcf |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_bed.othervariants.vcf |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_fill.output |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/gold_find.output |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/reference.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/full_test/variants.txt |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/reads/beginfuzzySNP.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/reads/deleted.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/reads/deletionfuzzy.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/reads/endfuzzySNP.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/reads/master.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/reads/readref10K.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/beginfuzzySNP.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/deleted.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/deleted_before_SNP.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/deletionfuzzy.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/endfuzzySNP.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/g10K.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/g10K_del.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/master.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/multiSNP.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/n_after_gap.fasta |
| ./usr/share/doc/mindthegap/examples/test/references/n_before_gap.fasta |
| ... and 36 more |