معرفی شرکت ها
augustus_3.4.0+dfsg2-2_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
gene prediction in eukaryotic genomes
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | augustus |
| نام فایل بسته | augustus_3.4.0+dfsg2-2_amd64.deb |
| نسخه بسته | 3.4.0+dfsg2 |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1951832 |
| حجم نصب | 10146 |
AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences
that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic
model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures
from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new
sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints,
e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide
and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene
structures that comply with all given user constraints, if such gene
structures exist.
AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts
to train custom models using annotated genomes.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| augustus-data_3.4.0+dfsg2-2_all.deb | 3.4.0+dfsg2 | all | Debian main |
| augustus-doc_3.4.0+dfsg2-2_all.deb | 3.4.0+dfsg2 | all | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_arm64.deb | 3.4.0+dfsg2 | arm64 | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_armel.deb | 3.4.0+dfsg2 | armel | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_armhf.deb | 3.4.0+dfsg2 | armhf | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_i386.deb | 3.4.0+dfsg2 | i386 | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_mips64el.deb | 3.4.0+dfsg2 | mips64el | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_mipsel.deb | 3.4.0+dfsg2 | mipsel | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_ppc64el.deb | 3.4.0+dfsg2 | ppc64el | Debian main |
| augustus_3.4.0+dfsg2-2_s390x.deb | 3.4.0+dfsg2 | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.5.1+dfsg | libbamtools2.5.1 |
| >= 1.74.0 | libboost-iostreams1.74.0 |
| >= 2.29 | libc6 |
| >= 1:4.5.2 | libcolamd2 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 2.6 | libgsl25 |
| >= 1.10 | libhts3 |
| >= 3.0.0 | libmariadb3 |
| >= 3.2.5-1~ | libmysql++3v5 |
| >= 3.5.9 | libsqlite3-0 |
| >= 9 | libstdc++6 |
| - | augustus-data |
نحوه نصب
نصب پکیج deb augustus:
sudo apt-get install augustus_3.4.0+dfsg2-2_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/aln2wig |
| ./usr/bin/augustus |
| ./usr/bin/bam2hints |
| ./usr/bin/bam2wig |
| ./usr/bin/compileSpliceCands |
| ./usr/bin/etraining |
| ./usr/bin/fastBlockSearch |
| ./usr/bin/filterBam |
| ./usr/bin/getSeq |
| ./usr/bin/homGeneMapping |
| ./usr/bin/joingenes |
| ./usr/bin/load2db |
| ./usr/bin/load2sqlitedb |
| ./usr/bin/pp_simScore |
| ./usr/bin/prepareAlign |
| ./usr/share/augustus/scripts/README.autoAug |
| ./usr/share/augustus/scripts/SplicedAlignment.pm |
| ./usr/share/augustus/scripts/aa2nonred.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/add_name_to_gff3.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/augustify.py |
| ./usr/share/augustus/scripts/augustus2browser.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/augustus2gbrowse.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/autoAug.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/autoAugPred.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/autoAugTrain.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/bamToWig.py |
| ./usr/share/augustus/scripts/bedgraph2wig.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/blat2gbrowse.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/blat2hints.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/block2prfl.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/cegma2gff.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/checkParamArchive.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/checkUTR |
| ./usr/share/augustus/scripts/cleanDOSfasta.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/clusterAndSplitGenes.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/compare_masking.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/computeFlankingRegion.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/createAugustusJoblist.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/del_from_prfl.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/evalCGP.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/eval_dualdecomp.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/eval_multi_gtf.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/exonerate2hints.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/exoniphyDb2hints.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/extractAnno.py |
| ./usr/share/augustus/scripts/extractTranscriptEnds.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/filter-ppx.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/filterGenes.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/filterGenesIn.pl |
| ./usr/share/augustus/scripts/filterGenesIn_mRNAname.pl |
| ... and 90 more |