معرفی شرکت ها

mosdepth-examples_0.3.1+ds-2_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Test data for mosdepth
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main all
نام بسته mosdepth-examples
نام فایل بسته mosdepth-examples_0.3.1+ds-2_all.deb
نسخه بسته 0.3.1+ds
انتشار بسته 2
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/brentp/mosdepth
مجوز -
حجم دانلود 1037332
حجم نصب 1040
Many small reads are produced by high-throughput "next generation" sequencing technologies. The final sequence is derived from how these reads are overlapping towards a consensus. The more reads are covering/confirming parts of a nucleotide seq, the higher the confidence is. Too many reads would be indicative of e.g. repeats in the genome. . mosdepth can output: * per-base depth about 2x as fast samtools depth--about 25 minutes of CPU time for a 30X genome. * mean per-window depth given a window size--as would be used for CNV calling. * the mean per-region given a BED file of regions. * a distribution of proportion of bases covered at or above a given threshold for each chromosome and genome-wide. * quantized output that merges adjacent bases as long as they fall in the same coverage bins e.g. (10-20) * threshold output to indicate how many bases in each region are covered at the given thresholds. when appropriate, the output files are bgzipped and indexed for ease of use. . This package contains a test data set as well as sample scripts running some test suite provided by Debian also as autopkgtest.


نیازمندی

مقدار نام
-


نحوه نصب


نصب پکیج deb mosdepth-examples:

    sudo apt-get install mosdepth-examples_0.3.1+ds-2_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/share/doc/mosdepth-examples/all.nim
./usr/share/doc/mosdepth-examples/bad.bed
./usr/share/doc/mosdepth-examples/big.bam
./usr/share/doc/mosdepth-examples/big.bam.csi
./usr/share/doc/mosdepth-examples/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/mosdepth-examples/changelog.gz
./usr/share/doc/mosdepth-examples/copyright
./usr/share/doc/mosdepth-examples/empty-tids.bam.bai
./usr/share/doc/mosdepth-examples/empty-tids.bam.gz
./usr/share/doc/mosdepth-examples/empty-tids.bed
./usr/share/doc/mosdepth-examples/funcs.nim
./usr/share/doc/mosdepth-examples/nanopore.bam.bai
./usr/share/doc/mosdepth-examples/nanopore.bam.gz
./usr/share/doc/mosdepth-examples/nim.cfg
./usr/share/doc/mosdepth-examples/overlapping-pairs.bam
./usr/share/doc/mosdepth-examples/overlapping-pairs.bam.bai
./usr/share/doc/mosdepth-examples/ovl.bam
./usr/share/doc/mosdepth-examples/ovl.bam.bai
./usr/share/doc/mosdepth-examples/plot-dist.py
./usr/share/doc/mosdepth-examples/plot-threads.py
./usr/share/doc/mosdepth-examples/track.bed
./usr/share/doc/mosdepth-examples/unordered.bed