معرفی شرکت ها
ivar_1.3+dfsg-1_mipsel.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main mipsel |
| نام بسته | ivar |
| نام فایل بسته | ivar_1.3+dfsg-1_mipsel.deb |
| نسخه بسته | 1.3+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | mipsel |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/andersen-lab/ivar |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 271120 |
| حجم نصب | 2392 |
iVar is a computational package that contains functions broadly useful
for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic
sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of
these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains
an intersection of functionality from multiple tools that are required
to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across
multiple replicates. iVar provided the following functions:
.
1. trimming of primers and low-quality bases,
2. consensus calling,
3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
corresponding reads from alignment files.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| ivar-doc_1.3+dfsg-1_all.deb | 1.3+dfsg | all | Debian main |
| ivar_1.3+dfsg-1_amd64.deb | 1.3+dfsg | amd64 | Debian main |
| ivar_1.3+dfsg-1_arm64.deb | 1.3+dfsg | arm64 | Debian main |
| ivar_1.3+dfsg-1_i386.deb | 1.3+dfsg | i386 | Debian main |
| ivar_1.3+dfsg-1_mips64el.deb | 1.3+dfsg | mips64el | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.29 | libc6 |
| >= 4.2 | libgcc-s1 |
| >= 1.10 | libhts3 |
| >= 9 | libstdc++6 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb ivar:
sudo apt-get install ivar_1.3+dfsg-1_mipsel.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/ivar |
| ./usr/share/doc/ivar/COOKBOOK.md |
| ./usr/share/doc/ivar/MANUAL.md.gz |
| ./usr/share/doc/ivar/README |
| ./usr/share/doc/ivar/README.md.gz |
| ./usr/share/doc/ivar/README.test |
| ./usr/share/doc/ivar/README.test_data |
| ./usr/share/doc/ivar/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/ivar/copyright |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/db/test_ref.fa |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/db/test_ref.fa.fai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/pair_info_2.tsv |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/pair_information.tsv |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/primer_only/primer_edge_cases.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/primer_only/primer_edge_cases.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.bed |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.filtered.tsv |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.gap.fa |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.gap.qual.txt |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.gap.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.gap.sorted.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.gap.sorted.mpileup |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.gff |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.indel.mpileup |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.indel.tsv |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.masked_primer_indices.txt |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.sim.merged.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.sim.merged.sorted.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.sorted.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.trimmed.masked.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.trimmed.masked.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.trimmed.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.trimmed.sorted.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.unmapped.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test.unmapped.sorted.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test_amplicon.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test_isize.bed |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test_isize.sorted.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test_isize.sorted.bam.bai |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/test_merged.bed |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/data/trim_isize.bam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/README.test_data |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-consensus.fa |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-consensus.qual.txt |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-filtered.tsv |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-getmasked.txt |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-removereads.sam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-trim.sam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-trim2.sam |
| ./usr/share/doc/ivar/examples/ref/out-variants.tsv |
| ./usr/share/doc/ivar/run-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/ivar.1.gz |