معرفی شرکت ها

smalt-examples_0.7.6-9_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Sequence Mapping and Alignment Tool (examples)
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main all
نام بسته smalt-examples
نام فایل بسته smalt-examples_0.7.6-9_all.deb
نسخه بسته 0.7.6
انتشار بسته 9
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://www.sanger.ac.uk/science/tools/smalt-0
مجوز -
حجم دانلود 71870924
حجم نصب 70233
SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome. Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including paired reads. . The software employs a perfect hash index of short words (< 20 nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic reference sequences. . For each read, potentially matching segments in the reference are identified from seed matches in the index and subsequently aligned with the read using a banded Smith-Waterman algorithm. . The best gapped alignments of each read is reported including a score for the reliability of the best mapping. The user can adjust the trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing of the hashed words. . A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided. Multi-threaded program execution is supported. . This package contains example data and a test suite to test the data.


نیازمندی

مقدار نام
-


نحوه نصب


نصب پکیج deb smalt-examples:

    sudo apt-get install smalt-examples_0.7.6-9_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/share/doc/smalt/test/SAM.py.gz
./usr/share/doc/smalt/test/bam_cigar_test.py.gz
./usr/share/doc/smalt/test/cigar_test.py
./usr/share/doc/smalt/test/data/cigar_read1.fq
./usr/share/doc/smalt/test/data/cigar_read2.fq
./usr/share/doc/smalt/test/data/cigar_ref.fa.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/contigs.fa.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/gen1l100i500e1_1.fq
./usr/share/doc/smalt/test/data/gen1l100i500e1_2.fq
./usr/share/doc/smalt/test/data/gen1l75i300e0_1.fq.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/gen1l75i300e0_2.fq.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/genome_1.fa.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/hs37chrXtrunc.fa.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/hs37l100i300e05q_trunc.bam.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/hs37l100i300e05q_trunc.sam.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/hs37l100i300e05q_trunc_nonam_1.fq.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/hs37l100i300e05q_trunc_nonam_2.fq.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/sequence_test_1.fa.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/sequence_test_2.fa.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/sequence_test_3.fq.gz
./usr/share/doc/smalt/test/data/sequence_test_4.fq.gz
./usr/share/doc/smalt/test/formats.py.gz
./usr/share/doc/smalt/test/ioform_test.py
./usr/share/doc/smalt/test/mthread_test.py
./usr/share/doc/smalt/test/ouform_cigar_test.py
./usr/share/doc/smalt/test/results_split_test.py.gz
./usr/share/doc/smalt/test/sample_test.py.gz
./usr/share/doc/smalt/test/splitReads_test.py
./usr/share/doc/smalt/test/testdata.py.gz
./usr/share/doc/smalt/test/xali_test.py.gz
./usr/share/doc/smalt-examples/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/smalt-examples/copyright