معرفی شرکت ها

sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_armel.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main armel
نام بسته sickle
نام فایل بسته sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_armel.deb
نسخه بسته 1.33+git20150314.f3d6ae3
انتشار بسته 2
معماری بسته armel
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/najoshi/sickle
مجوز -
حجم دانلود 18040
حجم نصب 47
Most modern sequencing technologies produce reads that have deteriorating quality towards the 3'-end. Incorrectly called bases here negatively impact assembles, mapping, and downstream bioinformatics analyses. . Sickle is a tool that uses sliding windows along with quality and length thresholds to determine when quality is sufficiently low to trim the 3'-end of reads. It will also discard reads based upon the length threshold. It takes the quality values and slides a window across them whose length is 0.1 times the length of the read. If this length is less than 1, then the window is set to be equal to the length of the read. Otherwise, the window slides along the quality values until the average quality in the window drops below the threshold. At that point the algorithm determines where in the window the drop occurs and cuts both the read and quality strings there. However, if the cut point is less than the minimum length threshold, then the read is discarded entirely. . Sickle supports four types of quality values: Illumina, Solexa, Phred, and Sanger. Note that the Solexa quality setting is an approximation (the actual conversion is a non-linear transformation). The end approximation is close. . Sickle also supports gzipped file inputs.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_amd64.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 amd64 Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_arm64.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 arm64 Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_armhf.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 armhf Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_i386.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 i386 Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_mips64el.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 mips64el Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_mipsel.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 mipsel Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_ppc64el.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 ppc64el Debian main
sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_s390x.deb 1.33+git20150314.f3d6ae3 s390x Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.4 libc6
>= 1:1.1.4 zlib1g


نحوه نصب


نصب پکیج deb sickle:

    sudo apt-get install sickle_1.33+git20150314.f3d6ae3-2_armel.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/sickle
./usr/share/doc/sickle/README.md.gz
./usr/share/doc/sickle/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/sickle/copyright
./usr/share/man/man1/sickle.1.gz