معرفی شرکت ها
umis-examples_1.0.7-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
tools for processing UMI RNA-tag data (examples)
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | umis-examples |
| نام فایل بسته | umis-examples_1.0.7-1_all.deb |
| نسخه بسته | 1.0.7 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/vals/umis |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 174676 |
| حجم نصب | 397 |
Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which
performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular
tags to correct for amplification bias.
.
There are four steps in this process.
.
1. Formatting reads
2. Filtering noisy cellular barcodes
3. Pseudo-mapping to cDNAs
4. Counting molecular identifiers
.
Example and test files for umis.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - |
نحوه نصب
نصب پکیج deb umis-examples:
sudo apt-get install umis-examples_1.0.7-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics/read_I5_sample_index_read_8_base.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics/read_I7_cell_barcode_read_14_base.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics/transcript_umi_reads.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics_v2/test_7_I1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics_v2/test_7_R1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics_v2/test_7_R2.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/10XGenomics_v2/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/BATseq/SRR1558183_1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/BATseq/SRR1558183_2.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/BATseq/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP036633_1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP036633_1.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP036633_2.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP036633_2.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP036633_expected.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP036633_trimmed.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP048838_1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/SRP048838_2.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/test.bash |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq2/SRR3195918_5.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq2/SRR3196080.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-Seq2/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-seq2_I7sample_Indexed/CEL-seq2.R1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-seq2_I7sample_Indexed/CEL-seq2.R2.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/CEL-seq2_I7sample_Indexed/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/DropSeq/SRR1873278_1.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/DropSeq/SRR1873278_2.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/DropSeq/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/klein-v3_R1.fq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/klein-v3_R2.fq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/klein-v3_R3.fq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/klein-v3_R4.fq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/sample-index.txt |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/test14.fq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/test_cell_demultiplex.fq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/Klein-inDrop/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/MARS-Seq/SRP035326.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/MARS-Seq/SRP035326_5.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/MARS-Seq/SRP035326_expected.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/MARS-Seq/SRP063520.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/MARS-Seq/transform_SRP035326.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/MARS-Seq/transform_SRP063520.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/SCRB-Seq/scrbseq_R1.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/SCRB-Seq/scrbseq_R2.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/umis/examples/SCRB-Seq/transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/STRT-Seq/SRP022764_ESCell_1_ATTAGAC_single.fastq |
| ./usr/share/doc/umis/examples/STRT-Seq/SRP022764_transform.json |
| ./usr/share/doc/umis/examples/STRT-Seq/SRP045452_1772058148_A01.fastq |
| ... and 80 more |