معرفی شرکت ها

sepp_4.3.10+dfsg-5_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main amd64
نام بسته sepp
نام فایل بسته sepp_4.3.10+dfsg-5_amd64.deb
نسخه بسته 4.3.10+dfsg
انتشار بسته 5
معماری بسته amd64
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/smirarab/sepp/
مجوز -
حجم دانلود 183864
حجم نصب 551
The tools SEPP and TIPP implementing these methods use ensembles of Hidden Markov Models (HMMs) in different ways, each focusing on a different problem. . SEPP stands for "SATe-enabled Phylogenetic Placement", and addresses the problem of phylogenetic placement of short reads into reference alignments and trees. . TIPP stands for "Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling", and addresses the problem of taxonomic identification and abundance profiling of metagenomic data.


نیازمندی

مقدار نام
- python3-dendropy
- python3:any
- hmmer
- pplacer
- libjenkins-json-java
- libgoogle-gson-java
- libjson-java
- libcommons-beanutils-java
- libcommons-collections3-java
- libcommons-lang-java
- libcommons-logging-java
- ncbi-blast+


نحوه نصب


نصب پکیج deb sepp:

    sudo apt-get install sepp_4.3.10+dfsg-5_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./etc/sepp/sepp.config
./etc/sepp/tipp.config
./usr/bin/run-sepp.sh
./usr/bin/run_abundance.py
./usr/bin/run_sepp.py
./usr/bin/run_tipp.py
./usr/bin/run_tipp_tool.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/__init__.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/algorithm.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/alignment.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/checkpointing.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/config.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/decompose_tree.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/ensemble.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/exhaustive.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/exhaustive_tipp.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/exhaustive_upp.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/filemgr.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/jobs.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/math_utils.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/metagenomics.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/problem.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/scheduler.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/scratch.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp/tree.py
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp-4.3.10.egg-info/PKG-INFO
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp-4.3.10.egg-info/dependency_links.txt
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp-4.3.10.egg-info/requires.txt
./usr/lib/python3/dist-packages/sepp-4.3.10.egg-info/top_level.txt
./usr/share/doc/sepp/README.Debian
./usr/share/doc/sepp/README.SEPP.md.gz
./usr/share/doc/sepp/README.TIPP.md.gz
./usr/share/doc/sepp/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/sepp/changelog.gz
./usr/share/doc/sepp/copyright
./usr/share/doc/sepp/sepp-tutorial.md.gz
./usr/share/doc/sepp/tipp-tutorial.md.gz
./usr/share/lintian/overrides/sepp
./usr/share/man/man1/run-sepp.sh.1.gz
./usr/share/man/man1/run_abundance.py.1.gz
./usr/share/man/man1/run_sepp.py.1.gz
./usr/share/man/man1/run_tipp.py.1.gz
./usr/share/man/man1/run_tipp_tool.py.1.gz
./usr/share/man/man5/sepp.config.5.gz
./usr/share/man/man5/tipp.config.5.gz
./usr/share/python3/runtime.d/sepp.rtupdate
./usr/share/sepp/seppJsonMerger.jar
./usr/share/sepp/split_sequences.py
./usr/share/sepp/tippJsonMerger.jar