معرفی شرکت ها

plasmidid_1.6.3+dfsg-3_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main amd64
نام بسته plasmidid
نام فایل بسته plasmidid_1.6.3+dfsg-3_amd64.deb
نسخه بسته 1.6.3+dfsg
انتشار بسته 3
معماری بسته amd64
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/BU-ISCIII/plasmidID
مجوز -
حجم دانلود 46260
حجم نصب 329
PlasmidID is a mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool that analyzes and gives graphic solution for plasmid identification. . PlasmidID is a computational pipeline that maps Illumina reads over plasmid database sequences. The k-mer filtered, most covered sequences are clustered by identity to avoid redundancy and the longest are used as scaffold for plasmid reconstruction. Reads are assembled and annotated by automatic and specific annotation. All information generated from mapping, assembly, annotation and local alignment analyses is gathered and accurately represented in a circular image which allow user to determine plasmidic composition in any bacterial sample.


نیازمندی

مقدار نام
- python3:any
- ncbi-blast+
- bedtools
- bowtie2
- samtools
- prokka
- cd-hit
- mash
- circos


نحوه نصب


نصب پکیج deb plasmidid:

    sudo apt-get install plasmidid_1.6.3+dfsg-3_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./etc/plasmidid/OR.conf
./etc/plasmidid/circos_individual_1_3_0.conf
./etc/plasmidid/circos_individual_1_3_3.conf
./etc/plasmidid/circos_summary_1_3_0.conf
./etc/plasmidid/circos_summary_1_3_3.conf
./etc/plasmidid/simple.conf
./usr/bin/plasmidID
./usr/share/doc/plasmidid/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/plasmidid/changelog.gz
./usr/share/doc/plasmidid/copyright
./usr/share/man/man1/plasmidID.1.gz
./usr/share/plasmidid/bin/adapt_filter_coverage.sh
./usr/share/plasmidid/bin/blast_align.sh
./usr/share/plasmidid/bin/blast_to_bed.sh
./usr/share/plasmidid/bin/blast_to_complete.sh
./usr/share/plasmidid/bin/blast_to_link.sh
./usr/share/plasmidid/bin/bowtie_mapper.sh
./usr/share/plasmidid/bin/build_karyotype.sh
./usr/share/plasmidid/bin/calculate_seqlen.sh
./usr/share/plasmidid/bin/cdhit_cluster.sh
./usr/share/plasmidid/bin/check_dependencies.sh
./usr/share/plasmidid/bin/check_mandatory_files.sh
./usr/share/plasmidid/bin/coordinate_adapter.sh
./usr/share/plasmidid/bin/download_plasmid_database.py
./usr/share/plasmidid/bin/draw_circos_images.sh
./usr/share/plasmidid/bin/filter_fasta.sh
./usr/share/plasmidid/bin/get_coverage.sh
./usr/share/plasmidid/bin/gff_to_bed.sh
./usr/share/plasmidid/bin/mash_screener.sh
./usr/share/plasmidid/bin/mashclust.py
./usr/share/plasmidid/bin/ncbi_database_fetcher.sh
./usr/share/plasmidid/bin/process_cluster_output.sh
./usr/share/plasmidid/bin/prokka_annotation.sh
./usr/share/plasmidid/bin/quality_trim.sh
./usr/share/plasmidid/bin/rename_from_fasta.sh
./usr/share/plasmidid/bin/sam_to_bam.sh
./usr/share/plasmidid/bin/spades_assembly.sh
./usr/share/plasmidid/bin/summary_report_pid.py
./usr/share/plasmidid/bin/summary_table.sh
./usr/share/plasmidid/plasmidID
./usr/share/python3/runtime.d/plasmidid.rtupdate