معرفی شرکت ها
pftools_3.2.6-1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
build and search protein and DNA generalized profiles
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | pftools |
| نام فایل بسته | pftools_3.2.6-1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 3.2.6 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/sib-swiss/pftools3 |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 45849644 |
| حجم نصب | 97296 |
The pftools package contains all the software necessary to build protein
and DNA generalized profiles and use them to scan and align sequences,
and search databases.
.
File formats used by the pftools
* Generalized profiles format and syntax.
* The multiple sequence alignment format (PSA).
* The extended header multiple sequence alignment format (XPSA).
.
Programs to build generalized profiles
pfmake
Build a profile from a multiple sequence alignment.
pfscale
Fit parameters of an extreme-value distribution to a profile score list.
pfw
Weight sequences of a multiple sequence alignment to correct for
sampling bias.
.
Programs to search with generalized profiles
pfsearch / pfsearchV3
Search a protein or DNA sequence library for sequence segments matching
a profile (V3 is the new version of this tool).
pfscan
Scan a protein or DNA sequence with a profile library
.
Conversion programs
psa2msa
Reformat PSA file to Pearson/Fasta multiple sequence alignment file.
ptof
Convert a protein profile into a frame-search profile to search DNA
sequences. To be used with 2ft.
2ft
Converts both strands of DNA into so-called interleaved
frame-translated DNA sequences to search with protein profiles. To be
used with ptof.
6ft
Translates all six reading frames of a double-stranded DNA sequence
into individual protein sequences.
pfgtop
Convert a profile in GCG format into PROSITE format.
pfhtop
Convert a HMMER1 ASCII-formatted HMM into an equivalent PROSITE profile.
ptoh
Converts a generalized profile into an approximately equivalent HMM
profile in HMMER1 format (can be read by the hmmconvert program from
the HMMER2 package).
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.29 | libc6 |
| >= 8 | libgfortran5 |
| - | libpcre3 |
| - | libfile-slurp-perl |
نحوه نصب
نصب پکیج deb pftools:
sudo apt-get install pftools_3.2.6-1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/2ft |
| ./usr/bin/6ft |
| ./usr/bin/compare_2_profiles.pl |
| ./usr/bin/fasta_to_fastq.pl |
| ./usr/bin/make_iupac_cmp.pl |
| ./usr/bin/pfcalibrateV3 |
| ./usr/bin/pfdump |
| ./usr/bin/pfemit |
| ./usr/bin/pfgtop |
| ./usr/bin/pfhtop |
| ./usr/bin/pfindex |
| ./usr/bin/pfmake |
| ./usr/bin/pfpam |
| ./usr/bin/pfscale |
| ./usr/bin/pfscan |
| ./usr/bin/pfscanV3 |
| ./usr/bin/pfsearch |
| ./usr/bin/pfsearchV3 |
| ./usr/bin/pfw |
| ./usr/bin/ps_scan.pl |
| ./usr/bin/psa2msa |
| ./usr/bin/ptof |
| ./usr/bin/ptoh |
| ./usr/bin/scramble_fasta.pl |
| ./usr/bin/sort_fasta.pl |
| ./usr/bin/split_profile_file.pl |
| ./usr/share/data/calibration/reversed.seq |
| ./usr/share/data/calibration/window20.seq |
| ./usr/share/data/cmp/blosum100.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/blosum30.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/blosum45.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/blosum50.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/blosum62.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/blosum65.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/blosum80.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/dna_50_40.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/gonnet.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/iupac_50_40.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam120.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam160.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam200.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam220.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam250.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam30.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam40.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam400.cmp |
| ./usr/share/data/cmp/pam80.cmp |
| ./usr/share/data/familyProfile/DoubleProfile.prf |
| ./usr/share/data/familyProfile/sequence.seq |
| ./usr/share/data/familyProfile/sh2.prf |
| ... and 109 more |