معرفی شرکت ها

pbdagcon_0.3+git20180411.c14c422+dfsg-1+b1_arm64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

sequence consensus using directed acyclic graphs
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main arm64
نام بسته pbdagcon
نام فایل بسته pbdagcon_0.3+git20180411.c14c422+dfsg-1+b1_arm64.deb
نسخه بسته 0.3+git20180411.c14c422+dfsg
انتشار بسته 1+b1
معماری بسته arm64
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon
مجوز -
حجم دانلود 311520
حجم نصب 1159
pbdagcon is a tool that implements DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus) which is a sequence consensus algorithm based on using directed acyclic graphs to encode multiple sequence alignment. . It uses the alignment information from blasr to align sequence reads to a "backbone" sequence. Based on the underlying alignment directed acyclic graph (DAG), it will be able to use the new information from the reads to find the discrepancies between the reads and the "backbone" sequences. A dynamic programming process is then applied to the DAG to find the optimum sequence of bases as the consensus. The new consensus can be used as a new backbone sequence to iteratively improve the consensus quality. . While the code is developed for processing PacBio(TM) raw sequence data, the algorithm can be used for general consensus purpose. Currently, it only takes FASTA input. For shorter read sequences, one might need to adjust the blasr alignment parameters to get the alignment string properly. . The code and the underlying graphical data structure have been used for some algorithm development prototyping including phasing reads and pre-assembly.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
pbdagcon_0.3+git20180411.c14c422+dfsg-1+b1_amd64.deb 0.3+git20180411.c14c422+dfsg amd64 Debian main
pbdagcon_0.3+git20180411.c14c422+dfsg-1+b1_mips64el.deb 0.3+git20180411.c14c422+dfsg mips64el Debian main
pbdagcon_0.3+git20180411.c14c422+dfsg-1+b1_ppc64el.deb 0.3+git20180411.c14c422+dfsg ppc64el Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 5.3.4+dfsg libblasr5.3.4
>= 2.17 libc6
>= 3.0 libgcc-s1
>= 9 libstdc++6
>= 5.3.3 libpbseq


نحوه نصب


نصب پکیج deb pbdagcon:

    sudo apt-get install pbdagcon_0.3+git20180411.c14c422+dfsg-1+b1_arm64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/dazcon
./usr/bin/pbdagcon
./usr/share/doc/pbdagcon/README.md.gz
./usr/share/doc/pbdagcon/changelog.Debian.arm64.gz
./usr/share/doc/pbdagcon/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/pbdagcon/copyright
./usr/share/doc/pbdagcon/examples/filterm4.py
./usr/share/doc/pbdagcon/examples/m4topre.py
./usr/share/doc/pbdagcon/examples/pbdagcon_wf.sh
./usr/share/doc/pbdagcon/examples/q-sense.py
./usr/share/man/man1/pbdagcon.1.gz