معرفی شرکت ها

hisat2_2.2.1-2+b3_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bullseye-11
مخزن Debian main amd64
نام بسته hisat2
نام فایل بسته hisat2_2.2.1-2+b3_amd64.deb
نسخه بسته 2.2.1
انتشار بسته 2+b3
معماری بسته amd64
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://daehwankimlab.github.io/hisat2/
مجوز -
حجم دانلود 3652580
حجم نصب 14122
HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
hisat2_2.2.1-2+b3_arm64.deb 2.2.1 arm64 Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_armel.deb 2.2.1 armel Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_armhf.deb 2.2.1 armhf Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_i386.deb 2.2.1 i386 Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_mips64el.deb 2.2.1 mips64el Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_mipsel.deb 2.2.1 mipsel Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_ppc64el.deb 2.2.1 ppc64el Debian main
hisat2_2.2.1-2+b3_s390x.deb 2.2.1 s390x Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.29 libc6
>= 3.0 libgcc-s1
>= 9 libstdc++6
- perl:any
- python3


نحوه نصب


نصب پکیج deb hisat2:

    sudo apt-get install hisat2_2.2.1-2+b3_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/hisat2
./usr/bin/hisat2-align-l
./usr/bin/hisat2-align-s
./usr/bin/hisat2-build
./usr/bin/hisat2-build-l
./usr/bin/hisat2-build-s
./usr/bin/hisat2-inspect
./usr/bin/hisat2-inspect-l
./usr/bin/hisat2-inspect-s
./usr/share/doc/hisat2/MANUAL.gz
./usr/share/doc/hisat2/changelog.Debian.amd64.gz
./usr/share/doc/hisat2/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/hisat2/copyright
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.1.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.2.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.3.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.4.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.5.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.6.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.7.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/index/22_20-21M_snp.8.ht2
./usr/share/doc/hisat2/examples/reads/reads_1.fa
./usr/share/doc/hisat2/examples/reads/reads_2.fa
./usr/share/doc/hisat2/examples/reference/22_20-21M.fa
./usr/share/doc/hisat2/examples/reference/22_20-21M.snp
./usr/share/man/man1/hisat2-align-l.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-align-s.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-build-l.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-build-s.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-build.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-inspect-l.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-inspect-s.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2-inspect.1.gz
./usr/share/man/man1/hisat2.1.gz