معرفی شرکت ها
baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
software package for designing hybrid enrichment probes
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | baitfisher |
| نام فایل بسته | baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/cmayer/BaitFisher-package |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 193608 |
| حجم نصب | 630 |
The BaitFisher package consists of two programs: BaitFisher and BaitFilter.
.
BaitFisher was been designed to construct hybrid enrichment baits from
multiple sequence alignments (MSAs) or annotated features in MSAs. The main
goal of BaitFisher is to avoid redundancy in the construction of baits by
designing fewer baits in conserved regions of the MSAs and designing more baits
in variable regions. This makes use of the fact that hybrid enrichment baits
can differ to some extends from the target region, which they should capture
in the enrichment procedure.
By specifying the allowed distance between baits and the sequences in the MSAs
the user can control the allowed bait-to-target distance and the degree of
reduction in the number of baits that are designed.
See the BaitFisher paper for details.
.
BaitFilter was designed (i) to determine whether baits bind unspecifically to
a reference genome, (ii) to filter baits that only have partial length matches
to a reference genome, (iii) to determine the optimal bait region in a MSA and
to convert baits to a format that can be uploaded at a bait constructing
company. The optimal bait region can be the most conserved region in the MSA
or the region with the highest number of sequences without gaps or ambiguous
nucleotides.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_arm64.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | arm64 | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_armel.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | armel | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_armhf.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | armhf | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_i386.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | i386 | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_mips64el.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | mips64el | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_mipsel.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | mipsel | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_ppc64el.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | ppc64el | Debian main |
| baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_s390x.deb | 1.2.7+git20190123.241d060+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.14 | libc6 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb baitfisher:
sudo apt-get install baitfisher_1.2.7+git20190123.241d060+dfsg-1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/BaitFilter |
| ./usr/bin/BaitFisher |
| ./usr/share/doc/baitfisher/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/baitfisher/copyright |
| ./usr/share/doc/baitfisher/examples/Example-without-alignment-cutting/BaitFilter-analysis/run-BaitFilter.sh |
| ./usr/share/doc/baitfisher/examples/Example-without-alignment-cutting/alignments/EOG505R03.fas |
| ./usr/share/doc/baitfisher/examples/Example-without-alignment-cutting/alignments/EOG57H4P2.fas |
| ./usr/share/doc/baitfisher/examples/Example-without-alignment-cutting/alignments/EOG5DV4JW.fas |
| ./usr/share/doc/baitfisher/examples/Example-without-alignment-cutting/parameter.txt |
| ./usr/share/doc/baitfisher/examples/Example-without-alignment-cutting/run-example.sh |
| ./usr/share/lintian/overrides/baitfisher |
| ./usr/share/man/man1/BaitFilter.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/BaitFisher.1.gz |