معرفی شرکت ها
seqmagick_0.8.4-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | seqmagick |
| نام فایل بسته | seqmagick_0.8.4-1_all.deb |
| نسخه بسته | 0.8.4 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/fhcrc/seqmagick/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 42408 |
| حجم نصب | 226 |
Seqmagick is a little utility to expose the file format conversion
in BioPython in a convenient way.
.
Features include:
.
* Modifying sequences:
- Remove gaps
- Reverse & reverse complement
- Trim to a range of residues
- Change case
- Sort by length or ID
* Displaying information about sequence files
* Subsetting sequence files by:
- Position
- ID
- Deduplication
* Filtering sequences by quality score
* Trimming alignments to a region of interest defined by the forward
and reverse primers
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3-biopython |
| - | python3-pygtrie |
| - | python3:any |
نحوه نصب
نصب پکیج deb seqmagick:
sudo apt-get install seqmagick_0.8.4-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/seqmagick |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/fileformat.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/scripts/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/scripts/cli.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/backtrans_align.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/common.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/convert.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/extract_ids.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/info.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/mogrify.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/primer_trim.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/subcommands/quality_filter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input1.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input2.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input2.fasta.bz2 |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input2.fasta.gz |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input3.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input4_ambig.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input5.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/input6.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output2.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output2.nex |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output2.phy |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output2_ungap_cut.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output3.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output3.nex |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output4.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output4.nex |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/data/output5.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/test_convert.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/test_extract_ids.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/test_info.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/integration/test_mogrify.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/test_primer_trim.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/test_subcommands_backtrans_align.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/test_subcommands_common.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/test_subcommands_convert.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/test_subcommands_quality_filter.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/test/test_transform.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick/transform.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick-0.0.0.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick-0.0.0.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick-0.0.0.egg-info/entry_points.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick-0.0.0.egg-info/requires.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/seqmagick-0.0.0.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/share/doc/seqmagick/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/seqmagick/changelog.gz |
| ./usr/share/doc/seqmagick/copyright |
| ./usr/share/man/man1/seqmagick.1.gz |