معرفی شرکت ها
r-bioc-ensembldb_2.14.0+dfsg-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | r-bioc-ensembldb |
| نام فایل بسته | r-bioc-ensembldb_2.14.0+dfsg-1_all.deb |
| نسخه بسته | 2.14.0+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://bioconductor.org/packages/ensembldb/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1501800 |
| حجم نصب | 2345 |
The package provides functions to create and use transcript centric
annotation databases/packages. The annotation for the databases are
directly fetched from Ensembl using their Perl API. The functionality
and data is similar to that of the TxDb packages from the
GenomicFeatures package, but, in addition to retrieve all
gene/transcript models and annotations from the database, the ensembldb
package provides also a filter framework allowing to retrieve
annotations for specific entries like genes encoded on a chromosome
region or transcript models of lincRNA genes.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 4.0.3-1 | r-base-core |
| - | r-api-4.0 |
| - | r-api-bioc-3.12 |
| >= 0.15.10 | r-bioc-biocgenerics |
| >= 1.31.18 | r-bioc-genomicranges |
| >= 1.29.10 | r-bioc-genomicfeatures |
| >= 1.5.2 | r-bioc-annotationfilter |
| >= 1.1 | r-cran-rsqlite |
| - | r-cran-dbi |
| - | r-bioc-biobase |
| - | r-bioc-genomeinfodb |
| >= 1.31.19 | r-bioc-annotationdbi |
| - | r-bioc-rtracklayer |
| >= 0.23.10 | r-bioc-s4vectors |
| - | r-bioc-rsamtools |
| >= 2.13.24 | r-bioc-iranges |
| - | r-bioc-protgenerics |
| >= 2.47.9 | r-bioc-biostrings |
| - | r-cran-curl |
نحوه نصب
نصب پکیج deb r-bioc-ensembldb:
sudo apt-get install r-bioc-ensembldb_2.14.0+dfsg-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/CITATION |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/DESCRIPTION |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/INDEX |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/Rd.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/features.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/hsearch.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/links.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/nsInfo.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/package.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/vignette.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/NAMESPACE |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/NEWS |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb.rdb |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb.rdx |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/YGRanges.RData |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_chromosome.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_exon.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_gene.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_metadata.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_tx.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_tx2exon.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/MySQL-backend.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/MySQL-backend.Rmd |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/coordinate-mapping-use-cases.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/coordinate-mapping-use-cases.Rmd |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/coordinate-mapping.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/coordinate-mapping.Rmd |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/ensembldb.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/ensembldb.Rmd |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/index.html |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/proteins.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/proteins.Rmd |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/extended_tests/extended_tests.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/extended_tests/performance_tests.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/gff/Devosia_geojensis.ASM96941v1.32.gff3.gz |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/gtf/Devosia_geojensis.ASM96941v1.32.gtf.gz |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/AnIndex |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/aliases.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/ensembldb.rdb |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/ensembldb.rdx |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/paths.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/html/00Index.html |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/html/R.css |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/perl/get_gene_transcript_exon_tables.pl |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/perl/test_script.pl |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/pkg-template/DESCRIPTION |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/pkg-template/NAMESPACE |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/pkg-template/R/zzz.R |
| ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/pkg-template/man/package.Rd |
| ... and 30 more |