معرفی شرکت ها
python3-pauvre_0.2.2-2_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
QC and genome browser plotting Oxford Nanopore and PacBio long reads
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | python3-pauvre |
| نام فایل بسته | python3-pauvre_0.2.2-2_all.deb |
| نسخه بسته | 0.2.2 |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/conchoecia/pauvre |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 51172 |
| حجم نصب | 279 |
Pauvre is a plotting package designed for nanopore and PacBio long reads.
.
This package currently hosts four scripts for plotting and/or printing stats.
.
pauvre marginplot
Takes a fastq file as input and outputs a marginal histogram with a
heatmap.
pauvre stats
Takes a fastq file as input and prints out a table of stats, including
how many basepairs/reads there are for a length/mean quality cutoff.
This is also automagically called when using pauvre marginplot
pauvre redwood
Method of representing circular genomes. A redwood plot contains long
reads as "rings" on the inside, a gene annotation "cambrium/phloem",
and a RNAseq "bark". The input is .bam files for the long reads and
RNAseq data, and a .gff file for the annotation.
pauvre synteny
Makes a synteny plot of circular genomes. Finds the most parsimonius
rotation to display the synteny of all the input genomes with the
fewest crossings-over. Input is one .gff file per circular genome
and one directory of gene alignments.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3-biopython |
| - | python3-matplotlib |
| - | python3-numpy |
| - | python3-pandas |
| - | python3-scipy |
| - | python3-sklearn |
| - | python3:any |
| - | python3-tk |
نحوه نصب
نصب پکیج deb python3-pauvre:
sudo apt-get install python3-pauvre_0.2.2-2_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/pauvre |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/bamparse.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/browser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/custommargin.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/functions.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/gfftools.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/lsi/Q.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/lsi/T.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/lsi/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/lsi/helper.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/lsi/lsi.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/lsi/test.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/marginplot.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/pauvre_main.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/rcparams.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/redwood.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/stats.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/synplot.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/tests/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/tests/test_synplot.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre/version.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre-0.2.2.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre-0.2.2.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre-0.2.2.egg-info/entry_points.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre-0.2.2.egg-info/not-zip-safe |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre-0.2.2.egg-info/requires.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/pauvre-0.2.2.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/share/doc/python3-pauvre/README.test |
| ./usr/share/doc/python3-pauvre/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/python3-pauvre/copyright |
| ./usr/share/doc/python3-pauvre/examples/test.sh |
| ./usr/share/doc/python3-pauvre/run-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/pauvre.1.gz |