معرفی شرکت ها
bcbio_1.2.5-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
toolkit for analysing high-throughput sequencing data
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bullseye-11 |
| مخزن | Debian contrib all |
| نام بسته | bcbio |
| نام فایل بسته | bcbio_1.2.5-1_all.deb |
| نسخه بسته | 1.2.5 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/bcbio/bcbio-nextgen |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 76572 |
| حجم نصب | 280 |
This package installs the command line tools of the bcbio-nextgen
toolkit implementing best-practice pipelines for fully automated high
throughput sequencing analysis.
.
A high-level configuration file specifies inputs and analysis parameters
to drive a parallel pipeline that handles distributed execution,
idempotent processing restarts and safe transactional steps. The project
contributes a shared community resource that handles the data processing
component of sequencing analysis, providing researchers with more time
to focus on the downstream biology.
.
This package builds and having it in Debian unstable helps the Debian
developers to synchronize their efforts. But unless a series of external
dependencies are not installed manually, the functionality of bcbio in
Debian is only a shadow of itself. Please use the official distribution
of bcbio for the time being, which means "use conda". The TODO file in
the Debian directory should give an overview on progress for Debian
packaging.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3:any |
| - | python3-bcbio |
نحوه نصب
نصب پکیج deb bcbio:
sudo apt-get install bcbio_1.2.5-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/bcbio_fastq_umi_prep.py |
| ./usr/bin/bcbio_nextgen.py |
| ./usr/bin/bcbio_prepare_samples.py |
| ./usr/bin/bcbio_setup_genome.py |
| ./usr/bin/cwltool2wdl.py |
| ./usr/share/bcbio/config/bcbio_sample.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/bcbio_system.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/HCC2218-sv-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/HCC2218-sv.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-ensemble.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-exome-methodcmp-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-exome-methodcmp.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-hg38-validate-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-hg38-validate.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-illumina.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-sv-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-sv.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-trio-wgs-joint.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-trio-wgs-validate-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878-trio-wgs-validate.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA12878.validate.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA24385-10x-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/NA24385-10x.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/archived/NA12878-trio-sv-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/archived/NA12878-trio-sv.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/cancer-dream-syn3-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/cancer-dream-syn3.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/cancer-dream-syn4.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/cancer-giab-na12878-na24385-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/cancer-giab-na12878-na24385.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/chip_seq.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/giab-validate-setup.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/giab-validate.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/mitochondrial_variants_amplicons.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/rnaseq-seqc-getdata.sh |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/rnaseq-seqc.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/rnaseq.variant_calling.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/seqc.csv |
| ./usr/share/bcbio/config/examples/somatic_tumor_normal_gatkcnv.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/galaxy/bcbio/variant.xml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/BDGP6-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/GRCh37-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/GRCz10-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/GRCz11-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/Sscrofa11.1-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/TAIR10-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/WBcel235-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/canFam3-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/dm3-resources.yaml |
| ./usr/share/bcbio/config/genomes/galGal4-resources.yaml |
| ... and 47 more |